Byl členem KDU-ČSL. Působil jako asistent Cyrila Svobody a Mariana Jurečky.
Do politiky vstoupil v komunálních volbách v roce 1998. Tehdy neúspěšně kandidoval jako nestraník za KDU-ČSL do zastupitelstva Prahy 1. Uspěl až v roce 2014 v komunálních volbách v Praze 7, kdy vedl kandidátku iniciativy PRAHA 7 SOBĚ, a stal se starostou Praha 7. Ve stejných volbách byl zvolen za KDU-ČSL do pražského zastupitelstva.
Jan Čižinský vystudoval historii a latinu na Filozofické fakultě a politologii a mezinárodní vztahy na Fakultě sociálních věd Univerzity Karlově v Praze. Pracoval jako učitel na základní a střední škole, byl vedoucím skautského oddílu Jeleni v Břevnovském klášteře.
Je ženatý a má tři dcery. V komunální politice se angažuje i jeho bratr Pavel Čižinský.
