Marta Kubišová začínala s taneční kapelou, složenou z muzikantů z poděbradského lázeňského promenádního orchestru. V Nymburce zpívala při odpoledních čajích. V roce 1961 se dostala v soutěži Hledáme nové talenty až do finále. O rok později vyhrála konkurz do Stop divadla v Pardubicích. Pak se přes plzeňské Divadlo Alfa dostala v září 1964 do pražského divadla Rokoko a začala se objevovat v televizním pořadu Vysílá studio A.
V roce 1966 vyhrála s Helenou Vondráčkovou Stříbrnou Bratislavskou lyru za píseň Oh, baby, baby. Zahrála si ve filmu svého budoucího manžela Jana Němce Mučedníci lásky a poprvé vyhrála Zlatého slavíka.
O rok později s Waldemarem Matuškou za duet Nech tu lásku spát získala Bronzovou Bratislavskou lyru. Byla obsazena do seriálu Píseň pro Rudolfa III. a v anketě Zlatý slavík skončila třetí.
V dubnu 1968 odjela na pozvání Bruna Coquatrixe vystupovat do pařížské Olympie, kde se setkala s Arethou Franklin.V červnu vyhrála Bratislavskou lyru za píseň Cesta a 1. listopadu vzniklo populární trio Golden Kids, ve které vedle Marty Kubišové zpíval Václav Neckář a Helena Vondráčková.
Za rok 1968 a 1969 opět vyhrála Zlatého slavíka. V roce 1969 se vdala za režiséra Jana Němce. Golden Kids vystoupili v Cannes i na festivalu Europe Songs ve Švédsku. Natočila svůj druhý recitál Proudy lásku odnesou s Janem Němcem.
Zlatého slavíka za rok 1969 ale už musela roku 1970 převzít v ústraní redakce časopisu Mladý svět kvůli začínající normalizaci. Golden Kids 6.ledna s programem Music Box No.2 vystoupili před vyprodanou Lucernou. Poslední vystoupení Golden Kids se konalo 27. ledna 1970 v Ostravě.
Od února 1970 měla Marta Kubišová režimem zakázánu uměleckou činnost. Záminkou se stala údajná pornografie.
Po manželově emigraci do USA a následném rozvodu se podruhé vdala za režiséra Jana Moravce. Podpisem Charty 77 se její stíhání a sledování StB ještě stupňovalo. V roce 1978 nahrála několik lidových písní a Modlitbu s Jaroslavem Hutkou. Písně byly vydány ve Švédsku. Dne 1. června 1979 se jí narodila dcera Kateřina.
V osmdesátých letech pracovala jako referentka zásobování Výstavby sídlišť v Praze. Během sametové revoluce zpívala z balkonu budovy Melantrichu na Václavském náměstí svou Modlitbu pro Martu a také československou státní hymnu. Po revoluci se vrátila ke zpěvu, se skupinou Energit Luboše Andršta uspořádala řadu koncertů i zájezdů, například do Japonska, Paříže a Berlína.
Po volbách v roce 1990 zasedla do české části Sněmovny národů Federálního shromáždění za Občanské fórum, ale již v červnu 1990 na mandát rezignovala.
Od roku 1991 spolumoderuje Adventní koncerty a od roku 1992 také pořad Chcete mě? v České televizi. V roce 1994 se vrátila společně s Helenou Vondráčkovou a Václavem Neckářem ve společném vystoupení v Golden Kids Comeback. Tento koncert si zopakovali ještě v roce 1995 a tím éra Golden Kids skončila.
Dne 28. října 1995 obdržela od prezidenta Václava Havla Medaili Za zásluhy II. stupně a o tři roky později v Míčovně Pražského hradu jí byla udělena Čestná medaile T. G. Masaryka za věrnost jeho odkazu.
Od roku 1998 je její domovskou scénou pražské Divadlo Ungelt, kde například v červnu 2013 měl premiéru komorní muzikál Touha jménem Einodis o osudech baronky Sidonie Nádherné, v titulních rolích s Martou Kubišovou a Anetou Langerovou.
V červenci 2014 měl na 49. MFF Karlovy Vary premiéru film o životě Marty Kubišové Magický hlas rebelky, který natočila Olga Sommerová. Film získal Cenu diváků.
V listopadu 2024 byla uvedena do Síně slávy Českého slavíka.
