S Jarchovským profesně poprvé spolupracoval na scénáři k filmovému debutu Ondřeje Trojana Pějme píseň dohola. Hřebejkův režijní debut Šakalí léta, muzikál o nástupu rock and rollové vlny v Česku na motivy povídek Petra Šabacha, pak vznikl v roce 1993 a už ten se stal trhákem.
Následovala divácky veleúspěšná retrokomedie Pelíšky z roku 1999, kterou v kinech shlédlo více než milion diváků, a která se stala klasikou. Úspěšný byl též snímek Musíme si pomáhat z roku 2000, ověnčený šesti Českými lvy, který byl dokonce i nominován na Oscara za nejlepší cizojazyčný film. Tandem natočil i další kvalitní snímky, například Pupendo z roku 2003, Horem pádem z roku 2004 či Kráska v nesnázích z roku 2006.
Po sérii retrokomediích natočili Hřebejk s Jarchovským i trilogii příběhů ze současnosti: dramata Kawasakiho růže z roku 2009, Nevinnost z roku 2011 a Líbánky z roku 2013. Coby divadelní režisér působí Hřebejk v divadlech Pod Palmovkou a Na Jezerce a pro televizi občas točí dokumenty o známých osobnostech.
Hřebejk se netají svým příklonem k pravici; v průběhu listopadu 1989 se aktivně podílel na organizování studentského odporu proti komunistickému režimu, v lednu roku 2013 zase podporoval Karla Schwarzenberga při prezidentské volbě. Režisér je ženatý a má dvě děti, syna a dceru.
