Původně pracovala v soukromém sektoru. V letech 1996 až 2004 byla manažerkou oblastního sdružení ODS v Karlových Varech. Poté se přesunula do Prahy, kde vedla provozní oddělení v hlavní kanceláři občanských demokratů.
Další kariéru spojila s Petrem Nečasem, kterému vedla ministerskou a později i premiérskou kancelář. Nečas se Nagyové zastal poté, co média informovala o jejích nadstandardních odměnách.
V červnu 2013 byla zatčena a obviněna za zneužití pravomoci úřední osoby tím, že nechala sledovat premiérovu tehdejší manželku Radku Nečasovou vojenskými zpravodajci. Tato aféra vedla až k pádu vlády Petra Nečase.
Nagyová strávila déle než měsíc ve vazbě. Na policejním výslechu 24. září odmítla vypovídat a představila se jako Nečasová. S bývalým premiérem se vzali o předcházejícím víkendu.
Soudy řešily v souvislosti s Janou Nagyovou kromě sledování Radky Nečasové i případ tří poslanců Marka Šnajdra, Petra Tluchoře a Ivana Fuksy, kteří se na podzim 2012 vzdali poslaneckých mandátů a následně získali posty ve státních firmách. Další kauza se pak týkala úniku informací z Bezpečnostní informační služby. V tomto případu, který souvisel se zásahem na Úřadu vlády v červnu 2013, stanul před soudem i lobista Ivo Rittig.
V srpnu 2020 v kauze trafik pro poslance pražský soud zprostil obžaloby z podplácení expremiéra Petra Nečase i jeho manželku Janu. V červnu 2023 ale Obvodní soud pro Prahu 1 v této kauze potrestal Janu Nečasovou dvěma lety vězení se čtyřletou zkušební dobou a desetiletým zákazem činnosti ve státní správě, manželé také společně zaplatí 1,3 milionu korun. Verdikt není pravomocný.
Pražský vrchní soud v říjnu 2020 potvrdil osvobození Jany Nečasové (dříve Nagyové), lobbisty Iva Rittiga a advokáta Davida Michala v kauze údajného vyzrazení utajované informace Bezpečnostní informační služby (BIS).
V srpnu 2021 zamítl Nejvyšší soud její dovolání v kauze zneužití Vojenského zpravodajství a platí tak tříletá podmínka a desetiletý zákaz působení ve vedoucích funkcích státní správy. V lednu 2023 prezident Miloš Zeman prominul Nečasové zkušební dobu podmíny.
