Agrofert založil Andrej Babiš roku 1993 od píky a v roce 2012 dosáhly konsolidované tržby Agrofertu téměř 132,5 miliard korun.
Do skupiny Agrofert patří mimo jiné chemičky Precheza, Deza, Fatra, Synthesia, Lovochemie, Preol, slovenská Duslo a německá SKW Piesteritz, dále desítky společností zabývajících se obchodem s komoditami, hnojivy, pesticidy, osivy či zemědělskou technikou a firmy zemědělské prvovýroby. Z potravinářských firem patří Agrofertu mlékárny Olma Hlinsko, masozávody Kostelecké uzeniny, Masna Kroměříž, Krahulík-Masozávod Krahulčí, pekárny Penam a dvě maďarské pekárny.
V květnu 2019 dostal Agrofert povolení, že může prostřednictvím své firmy Penam koupit pekárny United Bakeries.
Agrofert buduje a významně posiluje i svůj vliv na poli mediálního byznysu. V červnu 2013 firma odkoupila mediální skupinu MAFRA, pod kterou spadá mimo jiné deník MF DNES, Lidové noviny a portál iDNES.cz. Babiš se důsledně zavázal k tomu, že novináře skupiny MAFRA ovlivňovat nebude.
Mediální divize Agrofertu AGF Media také od roku 2012 vydává deník 5plus2. V dubnu 2013 Babiš koupil od vydavatelství Economia miliardáře Zdeňka Bakaly i vydavatelství Ecopress, které mimo jiné vydává slovenské Hospodárske noviny. V listopadu téhož roku koupil společnost Londa, která vlastní Rádio Impuls, rádio Rock Zone 105,9 a Český Impuls.
V prosinci 2018 antimonopolní úřad povolil vydavatelství MAFRA koupit aktivity skupiny Bauer Media Group v České republice a na Slovensku.
Součástí koncernu je od roku 2011 i Nadace Agrofert, která má stipendijní program či pomáhá rodičům samoživitelům, hasičům nebo spolupracuje s Nadací Terezy Maxové dětem.
