Jiří Bartoška po gymnáziu absolvoval JAMU v Brně. Po studiu nastoupil do angažmá v Divadle na provázku a později do ústeckého Činoherního studia. Od roku 1978 hrál v Praze v Divadle Na zábradlí.
Filmovým debutem Jiřího Bartošky byl snímek Hřiště v roce 1975. O dva roky později natočil trilogii Osada havranů, Na veliké řece a Volání rodu podle knih Eduarda Štorcha a také filmStíny horkého léta. V 80. letech hrál spíše vedlejší role a účinkovalv TV seriálech (například Sanitka). V roce 1989 podepsal Několik vět a byl spoluzakladatelem Občanského fóra.
V roce 1994 se stal prezidentem MFF v Karlových Varech a během několika let jej spolu s Evou Zaoralovou pozdvihl na nejvýznamnější filmový festival ve střední a východní Evropě.
Jiří Bartoška je přes 40 let ženatý s archeoložkou Andreou a mají spolu dceru Kateřinu a syna Jana. Na podzim 2014 Bartoškovi našli nádor v oblasti lymfatických uzlin v mezihrudí. Před kameru se vrátil v hlavní roli černé tragikomedie Teorie tygra (2016).
