Společné pracoviště Akademie věd a Univerzity Karlovy ve Vestci začalo analyzovat vzorky začátkem dubna. Od té doby ve speciálně vyhrazené laboratoři fungují čtyři týmy vyškolených odborníků, kteří pracují s infekčním materiálem.
Ve skupinách se postupně střídá až dvacítka zaměstnanců centra BIOCEV, kteří se dobrovolně přihlásili. Celkem se do testovacího procesu, včetně logistiky a administrace, přihlásilo přes 100 vědců, studentů a technického personálu BIOCEV.
Do „infekční“ laboratoře vedou pouze dva vchody - jeden pro samotné laboranty, druhý vchod je zvenku, kde si zaměstnanci BIOCEVu vyzvedávají vzorky od pražských nemocnic a domovů pro seniory. Řidiči přivezou vzorky v určenou pracovní dobu, vždy dle situace. Na parkování mají vyhrazené speciální místo. Řidič sem přijede s infekčními vzorky a zavolá na telefonní číslo, které je u dveří.
„Pro příjem vzorků jsme vyhradili a speciálně upravili jeden z bočních vchodů, aby se potenciálně infekční materiál nenosil přes hlavní recepci a nedostal se do kontaktu s ostatními zaměstnanci, kteří zde pracují na dalších vědeckých projektech. Právě nejvyšší bezpečnost byla hlavní prioritou na začátku plánování logistiky a zůstává i v průběhu celého testování,“ popisuje mluvčí Petr Solil a ukazuje k části budovy, která na sebe poutá pozornost zejména díky velkému množství zabezpečovací pásky.
Laboratoř je speciálně certifikovaná na výzkum vysoce infekčních virů. Všichni laboranti mají již zkušenosti s tímto druhem práce. V případě příjmu většího počtu vzorků si část vzorků laboratorní pracovník odnese přímo do infekční laboratoře, část si nechá v lednici, kde čekají, až je vědci zpracují.
Infekční vzorky a izolace RNA
Testované vzorky čeká první kolo v laboratoři, kde se izoluje RNA (nukleová kyselina tvořená vláknem ribonukleotidů, které obsahují cukr ribózu a nukleové báze adenin, guanin, cytosin a uracil, pozn. red.). Testování probíhá v přísných podmínkách. Do hermeticky uzavřené části se dostane pouze tým BIOCEV Covid 19.
„Za bariérou se nachází dekontaminační prostor, kterým prochází všichni pracovníci pro manipulaci s infekčním materiálem. V něm se převlékají do ochranných obleků. Aktuálně pracují čtyři týmy ve dvou směnách. Pracujeme sedm dní v týdnu. Jakmile proběhne izolace RNA viru, tak již neinfekční vzorky putují do druhé fáze testování v další laboratoři,“ popisuje Solil.
Ukazuje přitom na speciální fólii, která odděluje zbytek BIOCEVu od infekční laboratoře. Tam, kde dříve byla klasická chodba, je nyní místo, za kterým se pracuje s vysoce infekčním materiálem. To, co se děje v místnosti, můžeme vidět na obrazovce hned vedle. V infekční laboratoři je umístěná kamera, která monitoruje pohyb pracovníků.
Koronavirus zmobilizoval české mozky. Vědci se organizují a hledají řešení |
V jednom týmu je 5 lidí - dva pracují v laminárním boxu, dva laboranti a jeden pomocný pracovník na administraci žádanek, štítkování a další podpůrné činnosti. Jeden den pracují vždy dva týmy, střídají se po dlouhých a krátkých směnách.
Po příchodu do laboratoře místnost neopouštějí následující čtyři hodiny. Poté mají pauzu. Do laboratoře se pak ale vrací ještě jednou. Pokaždé si musí vzít nový ochranný oblek, ty staré se buď dezinfikují, nebo se jako jednorázové vyhazují.
„Minulý týden absolvovali naši lidé speciální školení od zástupců Univerzity obrany a Univerzity Hradce Králové, kteří mají certifikaci a zkušenosti s prací s viry a bakteriemi jako je ebola nebo antrax. Díky tomu získali praktické rady jak si například správně zabezpečit ochranný oděv, jak se zachovat v případě upuštění vzorku a jeho rozbití, nebo správné manipulaci s brýlemi, které se mohou snadno kontaminovat. To jsou základy, které je potřeba taktéž dodržovat,“ doplňuje Solil.
PCR tým
Další část analýzy putuje k takzvanému PCR týmu. Vedoucí je Lucie Langerová. I tady se pracuje sedm dní v týdnu. To, co bylo infekčním týmem vyizolováno, se musí dále zpracovat. „Ve vedlejší místnosti se připravuje reakční směs, do které se přidá testovaný vzorek s vyizolovanou RNA,” popisuje mladá vědkyně.
Z pohledu laika vypadá testování jednoduše – neustálé nabírání a dávkování drobných kapiček roztoku do malých zkumavek. Směs vzorku a dalších nutných složek reakce pak putuje do speciálního přístroje, ve kterém probíhá finální vyhodnocení.
Na obrazovce monitoru se pak objevují dva výsledné grafy. „Ten první nám ukazuje, že izolace RNA proběhla správně,“ popisuje Langerová.
„Ve druhém grafu pak vidíme šest křivek, u tří z nich je podle jejich průběhu vidět, že jsou zcela jistě pozitivní. U zbývajících vzorků musíme konečný výsledek potvrdit následující den,“ ukazuje na monitoru. Vinou může být skutečnost, že u dotyčného pacienta se nemoc teprve začíná projevovat. Všechny pozitivní vzorky tak čeká ještě testování další den.
„Doporučené je, že vzorky by neměly být starší než 72 hodin. Doporučené také je, že musí být skladovány při nízké teplotě včetně transportu,“ doplnila průběh testování hlavní koordinátorka testování v BIOCEV Ruth Tachezy. První výsledky laboratoř zná první den odpoledne. Pokud se začne s testováním vzorků v osm hodin ráno, výsledky z druhého kola testování jsou k dispozici druhý den do oběda.
Vše o koronaviru
|
Pozornost je věnována zejména těm pozitivním, které se kontrolují dvakrát. U negativních se lidé výsledky dozvídají již po prvním testování.
„Jedna věc je, jak zacházíte fyzicky se vzorkem, a jak s daty. To se liší podle toho, odkud vzorky jsou. Pokud je vzorek nejistý nebo pozitivní, podléhá povinnému hlášení na ÚZIS. To provádí laboratoř, která pak hlásí pozitivní vzorek i příslušnému lékaři. Lékař to následně řeší s hygienou,“ doplnila Tachezy s tím, že aktuálně BIOCEV může zvládnout 320 vzorků denně. Kapacitu však mohou navýšit až na 500 a to i bez robotického pracoviště.
A jak testované vzorky nakonec končí? BIOCEV si zatím vzorky archivuje. „Jsou pro nás důležité i jako banka vzorků pro další validace postupů. Samozřejmě jak bude počet vzorků narůstat, tak budeme muset pro další skladování vybrat pouze část. Zbytek se zlikviduje,“ popsala koordinátorka.
Kromě testování se v BIOCEVu zaměřují i na nové metody a postupy pro analýzu vzorků. „Od začátku jsme se snažili zavést tzv. in-house tedy naše metody. Ty závisí málo na dodávané chemii,“ popisuje Tachezy s tím, že snahou je vyvinout i izolační sadu, která by nahradila doposud dovážené preparáty.
