Kvůli začátku tohoto velkého příběhu se musíme vydat do lesů nedaleko japonské Mačiny. Zrovna končí 60. léta. Město na předměstí Tokia je domovem malého chlapce, kterému jeho vrstevníci říkají trochu posměšně Doktor Brouk. Satoši Tadžiri totiž malá stvoření rád chytá a sbírá. Zjišťuje, že jiný hmyz žije na louce a jiný u jezera.
Traduje se, že jeden ze zaměstnanců propašoval do hry ještě jednoho pokémona. Chytit ho mohli pouze zaměstnanci vývojářské společnosti.