Jan Palach pocházel ze Všetat. Vystudoval gymnázium v Mělníku a poté začal studovat na Vysoké škole ekonomické. V roce 1968 se dostal na Filozofickou fakultu.
Ve čtvrtek 16. ledna 1969 se kolem půl druhé odpoledne polil v horní části pražského Václavského náměstí hořlavinou a zapálil, běžel od muzea k Washingtonově ulici, kde se ho jeden muž pokusil uhasit. S rozsáhlými popáleninami byl převezen do nemocnice.
Jan Palach zemřel o tři dny později, v neděli 19. ledna. Sochař Olbram Zoubek vytvořil Palachovu posmrtnou masku.
Pohřeb, který se uskutečnil 25. ledna 1969, se stal protestem proti pokračující okupaci. Smuteční průvod desítek tisíc lidí prošel z Václavského náměstí na dnešní Náměstí Jana Palacha.
Jan Palach byl pohřben na Olšanských hřbitovech. Později byly jeho ostatky zpopelněny a uloženy ve Všetatech.
Palachův čin následovalo několik lidí v Československu i v zahraničí. Nejznámější z nich je asi Jan Zajíc, který se upálil 25. února 1969 rovněž na Václavském náměstí.
Jan Palach byl in memoriam vyznamenán Čestnou medailí T. G. Masaryka za věrnost jeho odkazu. V roce 1991 mu prezident Václav Havel udělil Řád Tomáše Garrigua Masaryka 1. třídy.
V polovině ledna 1989 se kolem výročí smrti Jana Palacha odehrály v Praze protikomunistické protesty, tak zvaný Palachův týden. Veřejná bezpečnost a Lidové milice protesty rozháněly obušky, slzným plynem a vodními děly. Hlídán byl i hřbitov ve Všetatech.
Jméno Jana Palacha nese planetka, gymnázium v Mělníce i v Praze, a také mnohá náměstí, například v Praze či Římě, a ulice v mnoha městech v Česku i v Evropě.
O činu Jana Palacha vzniklo několik filmů. V roce 2013 měl premiéru třídílný televizní film Hořící keř režisérky Agnieszky Hollandové. Režisér Robert Sedláček natočil v roce 2018 film Jan Palach.