Žaloby zamítl už Krajský soud v Českých Budějovicích, Vrchní soud v Praze však dospěl k opačnému názoru a rozhodl, že pozemky se nevydávají.
Ústavní soud ovšem nyní vyhověl stížnosti cisterciáků a konstatoval, že jejich nárok na pozemky je oprávněný. Rozhodnutí vrchního soudu zrušil.
Majetek byl sice cisterciákům konfiskován na základě Benešových dekretů, avšak až po roce 1948 a podle soudce zpravodaje Davida Uhlíře posloužily tyto dekrety pouze jako záminka k pokračování majetkové křivdy.
Podle Uhlíře je zřejmé, že vyšebrodští cisterciáci byli řádnými občany prvorepublikového Československa a nekolaborovali s nacisty, naopak. Členové řádu byli vystěhování či internování a už nacisti jim majetek zabavili.
V letech 1945 až 1948 byly dva pokusy o konfiskaci ze strany československého státu, ale ani jeden nebyl úspěšný. Po roce 1948 byly vydané další dva konfiskační správní akty podle Benešových dekretů a podle cisterciáků i tato rozhodnutí vykazují značné formální vady.
„Klášter byl objektem náboženské perzekuce,“ doplnil Uhlíř. Budovu konventu, opatství a klášterní kostel už přitom cisterciáci získali zpět podle zákona v roce 1990.
Uhlíř také uvedl, že obecné soudy podle ustálené judikatury nemohou postupovat formalisticky, musí posuzovat případy citlivě a individuálně. „Právní stát nesmí vytvářet další křivdy,“ zmínil Uhlíř.
V roce 2017 získalo opatství část majetku zpět prostřednictvím církevních restitucí.
Cisterciácké opatství ve Vyšším Brodě už muselo v minulosti část majetků získaných v restituci státu vrátit, a to zhruba 2100 hektarů lesa. Restituci napadl státní podnik Lesy ČR, kterému pak daly zapravdu Vrchní soud v Praze i Nejvyšší soud.
Vyšebrodský klášter je jediný fungující mužský cisterciácký klášter v Česku a národní kulturní památka. V roce 1259 jej založil Vok z Rožmberka.
Po vzniku Československa přišel klášter po pozemkové reformě o většinu statků. Za nacismu obsadilo budovy gestapo, mělo tam depozitář nakradených cenností. Komunisté klášter v roce 1950 zrušili, obnoven byl v roce 1990.
