Kontroloři se zaměřili na financování modernizace železničních tratí mimo síť Trans European Network - Transport, tedy mimo hlavní koridorové tratě, a to od roku 2009 až do současnosti. Soustředili se především na elektrizaci železničních tratí.
Evropská komise na modernizaci železnic vyčlenila během tohoto období celkem 393,5 milionu eur, ke konci roku 2012 však byla podle Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) proplacena včetně záloh zhruba jen třetina alokovaných prostředků.
"Certifikovány byly jen výdaje ve výši 40,6 milionu eur, tedy 10,3 procent alokace. Hrozí tedy, že Česká republika nestihne do konce programového období dotace na modernizaci železnic vyčerpat," uvedla mluvčí NKÚ Olga Málková.
Ministerstvo postupovalo netransparentně, tvrdí NKÚ
O přípravě a samotné výstavbě projektů přitom podle Málkové rozhodovalo ministerstvo dopravy netransparentně. Neadekvátně postupovala také Správa železniční dopravní cesty (SŽDC), jenž podle NKÚ některé veřejné zakázky na dodatečné stavební práce zadala až poté, co už tyto práce byly provedeny.
"V některých případech ministerstvo nejdřív samo zpochybnilo věrohodnost dokladů od SŽDC, avšak po čase na základě totožných dokladů stavební akci schválilo. V průběhu rozhodování o přípravě a výstavbě jednotlivých akcí se jejich finanční a časové parametry měnily, aniž by ministerstvo nebo SŽDC vyhodnotily příčiny a dopady těchto změn," vysvětlila Málková.
Ministerstvo dopravy své kroky zároveň nedovedlo pořádně zdůvodnit, tvrdí NKÚ. Argumentovalo údajně zdržením v přípravě velkých projektů. Kontrolní úřad také upozornil, že podle znění některých smluv o dílo byly rezervní položky chápány jako součást celkových smluvních cen díla, aniž by smlouvy stanovily způsob a podmínky jejich čerpání.
