Utzon začal budovu v Sydney stavět již koncem 50. let, avšak po téměř deseti letech stavby musel po konfliktu s tamními politiky Austrálii ve zlém opustit. Své největší životní dílo tam nechal nedokončené a zapřísahal se, že se k protinožcům již nikdy nevrátí.
Toto stanovisko porušil až téměř po 40 letech, kdy si v roce 2003 do Austrálie odcestoval pro prestižní Pritzkerovu cenu, považovanou ve světě architektů za vůbec nejvyšší poctu.
Opera v Sydney byla bez jeho účasti otevřena v roce 1973.
Jörn Utzon navrhl i řadu dalších staveb, krom jiného i budovu kuvajtského Národního shromáždění, avšak operní budova se střechou z bílých betonových plachet, které jako by chtěly celý objekt každou chvíli vynést do výše, zastínila veškerý zbytek jeho tvorby. Po konfliktu v Austrálii již bohužel nikdy nedostal zakázku podobného významu.
Většina ostatních Utzonových objektů proto stojí v bezprostřední blízkosti průlivu Öresund mezi Dánskem a Švédskem: v dánském Helsingöru, v Kodani i ve švédském Lundu.
Nedaleko od takzvaného Hamletova zámku Kronborgu v Helsingöru, anglicky Elsinoru, který je rovněž památkou chráněnou UNESCEM, stojí i jeho vlastní dům, který si Jörn Utzon samozřejmě navrhl a postavil sám.
Jörn Utzon se stal mezi architekty legendou i symbolem vítězství svobodné fantazie nad omezeností politické moci.
