Nejstarší pojednání o jeskyních na Zlatém koni pochází z pera pražského profesora L. A. Dlaska z roku 1822. Do poloviny 19. století těžba vápence pro stavební účely měla lokální význam. Teprve v roce 1866 zde byl založen větší lom na vápenec, z něhož byl v roce 1868 vylomen jeden ze základních kamenů Národního divadla v Praze. Pro Koněpruské jeskyně je památný rok 1950. Na podzim tohoto roku narazili dělníci po odstřelu skály na chodbu rozsáhlejší, než byly chodby zde až dosud objevené. Po vyklizení chodby od hlíny se dostali do volných prostor ve vnitřku kopce. Tak byla objevena tzv. Stará chodba s Letošníkovou propastí hlubokou 27 m, která má název po asistentu Geografického ústavu UK dr. V. Letošníko vi. Ještě v roce 1950 pronikli členové krasové sekce Přírodovědeckého klubu v Praze do prostorů Nové jeskyně s dómy U strážce, Petrovým, Pustým a Hlavním dómem. V Hlavním dómu byly nalezeny zvířecí i lidské kosti, pozůstatky pravěkých lidí, jejichž stáří bylo odhadnuto na 70 000 let. Další objevená prostora byla nazvána Medvědí jeskyní. Nejzajímavějším objevem byla jeskyně, ve které pracovala ve středověku penězokazecká dílna. Dostala název Mincovna. Další objevy jeskyň pokračovaly postupně. Objevena byla Březinova síň, Zářijová jeskyně s krásnou skupinou krápníků, tzv. Varhany, Vánoční síň aj. Celkem byla objevena soustava krasových jeskyň s třemi patry. Zároveň byly prováděny práce, které jeskyně zpřístupnily veřejnosti. Dne 2. 8. 1959 byla část jeskynního systému zpřístupněna pro veřejnost.