Na jednání ministrů vnitra EU se má řešit i to, zda budou stanoveny kvóty pro rozdělení uprchlíků mířících do Evropy. Podle Sobotky není možné, aby si některé země vynucovaly souhlas s kvótami pohrůžkou, že země, které budou proti, mohou přijít o peníze z evropských fondů.
Česko patří spolu s dalšími zeměmi Visegrádu (kromě ČR ještě Slovensko, Polsko a Maďarsko) k odpůrcům přijetí povinných kvót. Výhrady mají i některé baltské státy, Finsko či Rumunsko. Naopak Německo, Francie, Rakousko a další země EU na přerozdělení uprchlíků trvají.
„Chceme si nad tím udržet kontrolu, abychom byli schopni říci, že už nejsme schopni další uprchlíky přijímat,“ řekl Sobotka. Zásadní je podle ČR zajištění vnější ochrany Evropské unie, třídění skutečných uprchlíků před válkou a ekonomických migrantů již při vstupu do Evropské unie či zvýšení pomoci do oblastí jako Turecko, Jordánsko a Libanon. „Zatím nepomáháme dostatečně,“ uvedl předseda vlády.
Podle návrhu Evropské komise by ČR měla přijmout navíc 2 978 uprchlíků oproti patnácti stům, které se již před tím rozhodla přijmout dobrovolně.
Chovanec se ještě na poslední chvíli pokusil zabránit prostému přehlasování odpůrců kvót tím, že poslal do Lucemburska, které teď předsedá EU, analýzu s několika otázkami, na které Česká republika požaduje odpověď. „Chceme slyšet, jak by to prakticky fungovalo,“ řekl před odletem z Prahy Chovanec. „I když se nás možná některé státy pokusí přehlasovat, i tak se budou kvóty těžko naplňovat. Budeme dělat všechno pro to, aby se to nestalo,“ zdůraznil ministr vnitra.
Jedna z otázek České republiky se ptá, jak by se mělo bránit tomu, aby uprchlíci „přidělení“ konkrétní zemi neutekli do Německa a zda je vůbec v souladu se základními lidským právy jim v tom bránit.
Českého ministra vnitra také zajímá, zda mohou návrh učiněný na úrovni Evropské unie vetovat národní parlamenty a také proč není uprchlíkům nabídnut jen institut „dočasné ochrany“. To by znamenalo, že by se museli vrátit do země původu ve chvíli, kdy by byla označena za bezpečnou.
