Podle pražského magistrátu brání současná podoba Masarykova nádraží dalšímu rozvoji města. Městští radní by na místě současného kolejiště viděli raději park obklopený novou bytovou zástavbou. Na místě by měly zůstat jen historické nádražní budovy, které jsou památkově chráněné. - čtěte Praha už nepočítá s Masarykovým nádražím, chce tam byty
Radní Martin Langmajer ale upozornil, že bez adekvátní náhrady nelze nádraží zrušit, Praha se k tomuto kroku proto v nejbližší době nechystá. "Nic nerušíme, ani nemůžeme, protože nejde o majetek města. Máme ale zájem toto, dnes hodně zdevastované a nevyužité území, účelně začlenit do města," uvedl Langmajer.
Stejný názor má i Karel Hejtmánek z Českých drah. "Zrušení kolejiště na Masarykovo nádraží může nastat až tehdy, když bude náhradní systém, a to náhradní řešení musí být lepší, než je to dneska. Nebude-li lepší, nedá se to zbourat a Masaryčka zůstává," řekl.
Rozvoj nádraží by měl probíhat ve dvou fázích. Již v nejbližší době se počítá se zúžením kolejiště tak, aby na nevyužitých plochách mohly vyrůst nové budovy. Půjde především o koleje a ubytovny směrem do ulice Na Florenci, které dráhy dlouhodobě nevyužívají.
V delším časovém horizontu by pak nádraží měl nahradit železniční tunel pod centrem Prahy, který by spojil Karlín se smíchovským, eventuálně s vršovickým nádražím. "Tunel by umožnil např. dojíždějícím z regionu vystoupit z vlaku přímo v centru, třeba na Karlově náměstí," řekl Langmajer. Podle Karla Taberyho je to ale otázka nejméně 40 let.
Podoba tohoto projektu navíc ještě není definitivní. Podle studie by ale byla adekvátní náhražkou i za zrušení Masarykova nádraží.
Původně se počítalo s tím, že by všechny vlaky směřovaly na blízké hlavní nádraží. Podle odborníků je tato možnost nereálná, protože hlavní nádraží by v modernizované podobě nebylo schopno kapacitně funkci "Masaryčky" převzít.
