Rok 2012
Únor: Žádost o odpuštění pokuty je úspěšná. Výbor regionální rady regionu soudržnosti Střední Čechy farmě promíjí 99 % pokuty. Má zaplatit jen zbytek plus odpovídající penále. Šéfem úřadu je v tu dobu Tomáš Novotný, který je nyní náměstkem ministra průmyslu Jana Mládka (ČSSD).
Novotný později prohlásí, že princip odpuštění sankce na základě odvolání není výjimkou. Dodá také, že v roce 2011 nebylo známo, že za Čapím hnízdem stojí Agrofert. Novotný se podle ČTK stal šéfem úřadu až po podepsání smlouvy o dotaci na Čapí hnízdo.
V roce 2012 si Babiš na Čapí hnízdo pozval novináře magazínu Forbes (na fotogalerii se podívejte zde). Říkal, že je „pouze strategickým partnerem“ projektu.