Vlastníkem kostela je Českomoravská provincie Hospitálského řádu svatého Jan z Boha - Milosrdných bratří.
„Kostel již léta slouží jako významný kulturní stánek a Praha do něj již v minulosti investovala značné prostředky v rámci údržby. Jsem rád, že takto významný objekt směřuje do vlastnictví hlavního města, a to z toho důvodu, že bude zachováno jeho kulturní a společenské poslání, aby ho nepotkal stejný osud jako kostel svatého Michala, kde byl jeden čas klub a nevěstinec,“ uvedl radní Jan Chabr (TOP 09).
Odsvěcený kostel sv. Michala, který stojí kousek od Staroměstského náměstí, byl jako zchátralý v roce 1984 převeden na Národní knihovnu, která pro něj nenašla využití. V 90. letech se ho pokoušela neúspěšně prodat, pak ho pronajala. V roce 2005 ho prodala kontroverznímu nájemci za 46 milionů korun.
Původní cena kostela sv. Šimona a Judy byla 125 milionů korun. Město po dlouhých jednáních dohodlo slevu. Podle dokumentu, který radní schválili, koupi kostela městu nabídl vlastník. Magistrát podle smlouvy platné od 1. ledna 2016 do 31. prosince 2020 platí roční nájemné 800 tisíc korun.
Kostel zasvěcený svatému Šimonu Kananejskému a apoštolu Judovi byl postaven v 17. století na místě gotického kostela. Barokní památka byla součástí špitálu milosrdných bratří. Kostel je na základě smlouvy dlouhodobě ve správě Symfonického orchestru hlavního města Prahy FOK.
