Evropská komise vytýká Česku tři zásadní problémy. Má pochybnosti ohledně nezávislosti auditorů, kteří žádosti o dotace prověřují. Často totiž pracují na tom samém ministerstvu, co o dotaci žádá. Dále Brusel kritizuje českou praxi zadávání veřejných zakázek (neprůhledné či špatně připravené tendry) a velkou fluktuaci odborníků pro oblast evropských fondů. (více o problémech s tendry čtěte zde)
Podle ministra pro místní rozvoj Kamila Jankovského právě probíhá přesun všech auditorů pod jednu střechu. Tabulková místa se z jednotlivých úřadů převádějí pod nezávislý orgán, který bude fungovat při ministerstvu financí. Co se týče nechvalně proslulých tendrů, tak ty by měl vyřešil v dubnu nově přijatý zákon, který připomínky Komise obsahuje. Ministerstvo rovněž podniklo kroky, aby byli zaměstnanci zabývající se fondy přijímáni podle jednotné metodiky a aby se jejich stavy dlouhodobě stabilizovaly.
V programovacím období 2007 až 2013 může Česko z EU dostat až 778,5 miliardy korun (více o fungování systému eurodotací čtěte zde). V současnosti je proplácení peněz z Unie pozastaveno a podle ministra Jankovského začnou peníze opět proudit nejdříve letos v září.
Zatím bylo Česku z této částky proplaceno pouze 138 miliard korun, což je pouze necelých 18 procent celkové alokace. Už teď se dá předpokládat, že některé náklady nebudou proplaceny kvůli špatným tendrům. Ministerstvo pro místní rozvoj spočítalo, že ohroženo by mohlo být v nejhorším případě až 33 miliard korun, které by pak místo Bruselu zaplatil český státní rozpočet. O alokované peníze z EU však Česko nepřijde, pokud zfušované akce nahradí jinými projekty.
Mezi nejúspěšnější operační programy z pohledu skutečného čerpání dotací patří Operační program podnikání a inovace, pražské operační programy OPPK a OPPA a Operační program Lidské zdroje a Zaměstnanost. Největší problémy mají operační programy ministerstva školství (OP Vzdělání pro konkurenceschopnost a OP Výzkum a vývoj pro inovace) a OP Životní prostředí. Financování z národních zdrojů bylo pozastaveno ROP Severozápad, kde v současnosti auditoři z Evropské komise dokonce provádějí kontrolu jednotlivých podezřelých projektů.
Příčin neúspěchů je celá řada, ale mezi hlavní patří celkové nastavení fungování těchto programů a nedostatečná absorpční kapacita pro přísně nastavené parametry jednotlivých oblastí podpory.
Ano, Česko může o velkou část peněz přijít, protože stále ještě nenavrhlo projekty na čtvrtinu nabízených dotací. Jedná se o zatím nevyužitých 26 procent z celkové alokace 778 miliard korun. Aby se to nestalo, je potřeba převést prostředky z problematických operačních programů do těch, které mají velkou absorpční kapacitu jako například Operační program podnikání a inovace. Tento převod však musí schválit nejprve vláda a pak i Evropská komise. Je nejvyšší čas, aby se tento převod vyjednal a schválil, protože dotace EU je možno rozdělovat na jednotlivé projekty pouze do konce roku 2013.
V případě, že audity odhalí u jednotlivých příjemců dotací neoprávněné čerpání v rozporu se schváleným projektem nebo pravidly daného operačního programu, budou po těchto příjemcích dotace vymáhány zpět, a to včetně sankce.
