Do tenkrát ještě Českomoravského fotbalového svazu přišla v roce 2009 na pozvání jeho tehdejšího předsedy Ivana Haška. V červnu 2010 byla zvolena předsedkyní odvolací a revizní komise a v červnu 2013, kdy už se svaz jmenoval Fotbalová asociace České republiky, na tomto místě skončila.
V květnu 2013 chtěla kandidovat na post předsedkyně Fotbalové asociace České republiky proti Miroslavu Peltovi, nakonec k tomu však nezískala dostatečnou podporu.
Kvůli otcově práci její rodina hodně cestovala. Od čtyř do třinácti let žila postupně v Anglii, Francii a Nizozemsku. Kosmopolitní Markéta Haindlová studovala napřed Právnickou fakultu Univerzity Karlovy v Praze a posléze i sportovní právo se specializací na právo fotbalové ve švýcarském Curychu.
Po studiích působila jako právnička právě v Curychu, ale také v Bruselu. V "nekalém" fotbalovém prostředí je známá jako vegetariánka, která hraje golf a nemluví sprostě.
Kromě fotbalu se Haindlová angažuje i v hokeji. Na mistrovství světa ve Stockholmu v roce 2013 zastupovala Český svaz ledního hokeje při jednáních s Mezinárodní hokejovou federací. V září 2013 se stala místopředsedkyní České asociace hokejistů.
Podle výpisů z rejstříků je Haindlová též členkou dozorčí rady akciové společnosti Fotbal Travel. Působí také ve správní radě obecně prospěšné společnosti ThinkSport a s bývalými reprezentanty Karlem Poborským, Horstem Sieglem a Vladimírem Šmicrem v orgánech Sport United o.p.s.
