Komenský byl třikrát ženatý. S Magdalenou Vizovskou ze Zábřehu měl dva syny, kteří však zemřeli spolu s matkou při morové epidemii. Později se oženil s Marií Dorotou Cyrillovou, která mu porodila čtyři děti. Poslední manželství s Johankou Gajusovou už bylo bezdětné.
„Právě z druhého manželství vzešla linie, jejímž pokračovatelem byl přesně sedm pokolení po učiteli národů v 19. a 20. století Franz Wollenhaupt,“ nastínil historik.
Podle dobového tisku byl horlivý germanizátor. Vyhazovat prý z práce české hajné, své zaměstnance nutil, aby dávali děti pouze do německých škol.