Na konci května Státní zdravotní ústav zveřejnil přehled doposud odhalených mutací v České republice. Do 21. května se u nás potvrdilo 53 případů jihoafrické varianty, 13 případů indické a devět z jihovýchodní Asie. Nadále u nás převládá zejména britská varianta viru.
Jak se mutace ze vzorku potvrdí? Podezření na mutaci mohou odhalit i běžné PCR testy. Podle grafu, který z jejich průběhu vzniká, umí laboratoř odhalit, že jde o jinou než běžnou variantu. Takové vzorky pak posílají k sekvenaci. Laboratoře následně porovnávají genetickou informaci viru s už objevenými variantami, případně zaznamenávají nové.
Odborníci upozorňují na to, že importy nových i známých variant koronaviru je třeba pečlivě sledovat. „Vzhledem k nebezpečí rizikových variant koronaviru je to velmi důležité,“ uvedl imunolog Václav Hořejší z Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR.
Od června začne fungovat covidpas. Usnadní cestování i kulturu, míní Dzurilla |
Podle iniciativy Sníh je důležité zásadně omezit import nebezpečných mutací ze zahraničí, a to pomocí opatření na hranicích schengenského prostoru a na letištích. Varianty viru je také třeba výrazně lépe monitorovat na území České republiky právě pomocí sekvenování.
„Nyní jsme konečně v situaci, kdy se namísto drahých plošných opatření, jako je lockdown, můžeme soustředit na efektivní preventivní opatření, která jsou v porovnání s lockdownem výrazně levnější,“ řekla Ruth Tachezy z iniciativy Sníh.
Hrozba ze hranicemi Česka
Pro iDNES.cz Tachezy uvedla, že podle ní by bylo dobré sekvenovat všechny pozitivní vzorky těch, kteří přicestují ze zahraničí, pokud variantu viru neurčí PCR test. „Za MeSES jsme doporučovali, aby se testovali lidi, kteří přijedou z dovolené, alespoň jednou dvakrát po nástupu do práce a pozitivní vzorky podrobili diskriminačnímu testu PCR a sekvenaci,“ uvedla.
„Nějaké záchyty jsou, ale řada lidí projede přes hranice a nikdo je nekontroluje, nikdo nezjišťuje, zda jdou na test, který mají nařízený. Teď z toho vypadli i očkovaní, kteří se nemusí podrobit testům, což je chyba. Právě tito jedinci se mohou infikovat, aniž by u nich byly znatelné příznaky a mohou tedy šířit dovezenou variantu viru,“ doplnila.
Podle ministerstva zdravotnictví počítá strategie se sekvenováním 4000 až 4500 vzorků měsíčně. Toto číslo jako nízké nedávno kritizoval biochemik Jan Konvalinka. „Sekvenování pouhých čtyř tisíc vzorků měsíčně považuji za nebezpečné. Mohou se objevit mutace, které krásný příběh s rozvolňováním a životem jako dříve úplně zvrátí. Musíme vědět, jak na tom jsme,“ uvedl pro Český rozhlas.
Česko hlásí případy jihoafrické i indické mutace, stále převládá britská |
Dle expertů je třeba v laboratořích zkoumat pět až deset procent pozitivních vzorků.
„Úplně ideální by bylo, kdybychom sekvenovali samozřejmě všechny vzorky od těžkých průběhů onemocnění, infikované děti a mladé lidi s vážnějšími příznaky covid-19, ohniska šíření viru, prokazatelně reinfikované lidi a lidi nakažené po vakcinaci. Mimo to by bylo dobře kontrolovat sekvenací průběžně 10 procent vzorků pozitivně zachycených na PCR,“ uvedla Tachezy s tím, že konkrétní číslo pro počet sekvenovaných vzorků závisí na prevalenci viru v populaci a na funkčnosti systému sekvenace v daném státě.
„S tím, jak klesá prevalence (podíl počtu nakažených na populaci, pozn. red.) viru v populaci, některé státy, u nichž je systém sledování cirkulujících kmenů dobře zavedený, stihnou sekvenovat i 20 až 30 procent pozitivních vzorků. Izrael, kde je prevalence již extrémně nízká dokonce sekvenuje všechny pozitivní záchyty,“ dodala.
Že v současné době není sekvenace dostatečná, si uvědomuje i staronový ministr zdravotnictví Adam Vojtěch. Ten poté, co se ujal funkce ministra zdravotnictví uvedl, že kapacity zřejmě bude potřeba navýšit v době, kdy se lidé budou vracet z dovolených.
Podle něj je předběžně schválen systém povinného testování dětí na začátku příštího školního roku. „To je také bod, kdy sekvenování bude důležité, lidé se budou vracet z dovolených, tam vidím potenciální riziko dovozu nějakých mutací,“ poznamenal Vojtěch.
Je ovšem otázkou, kdy se Česká republika dotkne byť jen pomyslné hranice 4 tisíc vzorků měsíčně. Podle resortu zdravotnictví bylo k 28. květnu za ČR osekvenováno celkem 4 439 vzorků. „Kapacity se postupně navyšují,“ uvedla mluvčí Gabriela Štěpanyová.
Sekvenace jen pro organizace státu
Nejde přitom jen o tom, že by se podle odborníků na sekvenaci nemělo zapomínat. Vláda totiž v polovině května rozhodla o tom, že peníze za sekvenaci dostanou pouze příspěvkové organizace státu. Na 4 tisíc vzorků měsíčně je vyhrazeno 161 milionů korun.
Podle ministerstva zdravotnictví je takové řešení nejlepší. „Řešení příspěvkem, který mohou obdržet jen příspěvkové organizace, je nejrychlejší cestou, jak zaplatit sekvenace, a zároveň se domníváme, že nyní jsou tyto kapacity dostatečné. K tomu ještě připravujeme vypsání dotačního programu pro další organizace,“ uvedla Štěpanyová.
Rozdíly v mutacích. Britská je nakažlivější, indická zatím neznámá |
Odmítá, že by tak ze systému vypadly soukromé laboratoře. „Pokud instituce sekvenují na vlastní náklady tak, jak dosud sekvenovaly všechny zapojené instituce, mohou sekvenovat dále,“ doplnila.
I to je ovšem podle odborníků podraz ze strany ministerstva. „Je to chyba, protože několik akademických institucí z vlastních zdrojů sekvenovalo a stálo je to stovky tisíc. A teď nic nedostanou,“ uvedl Hořejší.
Korunu od státu například nedostal, a dle posledních informací nedostane, ani BIOCEV Přírodovědecké fakulty UK. Podle Tachezy tak již sekvenaci zastavili. Dosavadní zpracovávání vzorků je vyšlo na 800 tisíc. „Víc do toho nemůžeme investovat. Čekali jsme od 20. dubna, kdy peníze na tuto aktivitu vláda schválila. Bez toho, že nám zaplatí, sekvenovat nebudeme,“ dodala.
27. dubna 2021 |
