Projekt Chytrá karanténa, na kterém se od jara 2020 podílela především armáda, propojil krajské hygienické stanice, testovací místa, laboratoře a nemocnice. Zpracovává jejich data a řídí kapacity. Podle ministerstva zdravotnictví systém vyšel zhruba na jednu miliardu korun. Pro letošní rok bylo na Chytrou karanténu z toho vyhrazeno vládou 420 milionů korun.
V rámci Chytré karantény byly vyvinuty různé nástroje a informační systémy. Mezi ně patří třeba Informační systém infekčních nemocí (ISIN), eŽádanka ISIN – indikace k testu od praktických lékařů či centrální rezervační systém pro očkování nebo linka 1221.
