„Pokud se Škoda uplatní, tak jsme dohodnuti, že se jeho opce změní v přestup,“ řekl majitel brněnského klubu Václav Bartoněk. Škoda se střelecky blýskl v podzimní části první ligy, kdy v rozmezí devíti kol zaznamenal deset gólů. V dalších šesti zápasech už ale vyšel střelecky naprázdno.
V zimní přestávce se o jeho služby ucházely tři zahraniční celky: druholigové německé Aue a ruské týmy Orenburg a Machačkala. Ani v jednom případě ale kluby nedospěly k dohodě. Nic nebylo ani z jeho odchodu do druholigového čínského klubu Pao-ting.
Do Brna přišel Michal Škoda koncem září 2012 z druholigového celku Bohemians Praha. V sezoně 2014/15 jej brněnský klub uvolnil na hostování do Českých Budějovic. Celkem v české nejvyšší soutěži odehrál 95 zápasů a vstřelil 23 branek.
