SObotní trénink začínal pozvolně a bojovat o čas se začalo až v poslední dvacetiminutovce. Jako první na měkkou sadu pneumatik přezuli zástupci stáje Mercedes.
Nico Rosberg a Michael Schumacher šli hned do vedení. Dlouho se však z nejlepších časů nětěšili.
Pak totiž šlápl na plyn Jenson Button a okamžitě získal nejlepší čas. Jezdce Mercedesu za sebou nechal o vteřinu a půl. Jasně jim dal na srozuměnou, že McLaren je někde jinde než monopost jeho dodavatele motorů.
Nikdo další se nedokázal Buttonovu výkonu 1:31,255 ani přiblížit. Lewis Hamilton, Sebastian Vettel nebo Fernando Alonso se snažili marně.
Své páteční časy neuměli zopakovat piloti týmu Toro Rosso a skončili těsně za první desítkou. I tak však Jaime Alguersuari a Sébastien Buemi potvrdili, že se s nimi musí počítat.
Kromě tradičních problémů stáje Hispania Racing se spolehlivostí, kdy stejně jako v pátek zůstal stát na dráze Ital Liuzzi, zaujal chybující Bruno Senna. Na rozdíl od pátečních jízd se už tentokrát kontaktu s bariérou vyhnout nedokázal.
Nováček v černo-zlatých barvách Renaultu nezvládl v polovině tréninku výjezd ze zatáčky Spoon, vyjel z dráhy a boural do protilehlé bariéry. Zcela zdemoloval levé přední zavěšení kola a mohl být rád, že bezpečnostní lanka udržela kolo na monopostu. To by se jinak mohlo vydat na nebezpečnou prohlídku tribun.
Kvalifikace startuje v 7:00 SELČ.
Výsledky 3. tréninku Velké ceny Japonska F1:
| Pořadí | Jezdec | Tým | Čas |
| 1. | Jenson Button | McLaren | 1:31.255 |
| 2. | Lewis Hamilton | McLaren | + 0.507 |
| 3. | Sebastian Vettel | Red Bull | + 0.867 |
| 4. | Fernando Alonso | Ferrari | + 1.024 |
| 5. | Mark Webber | Red Bull | + 1.146 |
| 6. | Felipe Massa | Ferrari | + 1.174 |
| 7. | Michael Schumacher | Mercedes | + 1.470 |
| 8. | Nico Rosberg | Mercedes | + 1.623 |
| 9. | Vitalij Petrov | Renault | + 1.803 |
| 10. | Adrian Sutil | Force India | + 2.169 |
| 11. | Sébastien Buemi | Toro Rosso | + 2.214 |
| 12. | Jaime Alguersuari | Toro Rosso | + 2.290 |
| 13. | Kamuj Kobajaši | Sauber | + 2.563 |
| 14. | Sergio Pérez | Sauber | + 2.581 |
| 15. | Paul di Resta | Force India | + 2.735 |
| 16. | Pastor Maldonado | Williams | + 3.066 |
| 17. | Bruno Senna | Renault | + 4.134 |
| 18. | Rubens Barrichello | Williams | + 4.396 |
| 19. | Jarno Trulli | Lotus | + 5.072 |
| 20. | Heikki Kovalainen | Lotus | + 5.657 |
| 21. | Jérôme D'Ambrosio | Virgin | + 6.683 |
| 22. | Timo Glock | Virgin | + 6.756 |
| 23. | Daniel Ricciardo | Hispania | + 7.100 |
| 24. | Vitantonio Liuzzi | Hispania | + 9.842 |
