Novák bude vést kancelář ředitele NBÚ, dohlížet na státní dozor v oblasti ochrany utajovaných informací a bude odpovědný za administrativní a fyzickou bezpečnost.
„Jan Novák patří mezi kvalitní manažery v oblasti státní správy. Věřím, že jeho práce v Národním bezpečnostním úřadu bude stejně dobrá jako v jeho dosavadním působišti,“ řekl předseda vlády Petr Nečas.
Novák měl na úřadu na starosti tajné služby a byl považován za velmi blízkého přítele bývalého premiéra Mirka Topolánka i lobbisty Marka Dalíka.
Právě tyto vztahy byly často předmětem kritiky. Novák a Dalík jsou jednak bývalí spolužáci a navíc spolu v roce 1995 pracovali v kanceláři prezidenta republiky.
V březnu 2006 si prý Novák koupil ve Špindlerově Mlýně luxusní apartmán v blízkosti Dalíkova apartmánu. Vedoucím Úřadu vlády a koordinátorem pro zpravodajské služby Nováka jmenoval v červnu 2006 Topolánek.
Po jmenování nové vlády se objevily spekulace, na jaký post Novák zamíří. Nejčastěji se mluvilo o místu ředitele Bezpečnostní informační služby.
