Pondělí 16. prosince 2019, svátek má Albína
  • schránka
  • Přihlásit Můj účet
  • Pondělí 16. prosince 2019 Albína

Přednáška: Z velkých dat lze v genetice i vypočítat diagnózu

  12:00aktualizováno  17:55
Síla Internetu věcí, desítek milionů vzájemně komunikujících zařízení, čidel a senzorů, spočívá především v možnosti analýzy posbíraných dat. Proč je to jeden z největších problémů, vysvětluje doktor Jan Kalina.

V nejrůznějších oblastech lidské činnosti se v posledních letech čím dál častěji setkáváme s obrovskými daty. Mezi příklady, které nás každodenně obklopují, patří sociální sítě, které o nás sbírají veškerá dostupná data, nebo věrnostní karty v samoobsluze, které vypovídají o složení nákupního košíků jednotlivých stálých zákazníků. Množství dat neustále přibývá, a to rychlejším tempem, než jsme schopni vůbec taková data analyzovat. Prezentace nejprve pojedná o příkladech oblastí, v nichž se setkáváme s velkými daty, avšak náš zájem se primárně týká statistického zpracování dat v oblasti molekulární genetiky.

RNDr. Jan Kalina, Ph.D.

Jan Kalina je vedoucím Oddělení medicínské informatiky a biostatistiky na Ústavu informatiky AV ČR. Mezi jeho odborné zájmy patří robustní statistické metody, které jsou spolehlivé i při kontaminaci dat výrazně odlehlými hodnotami, a redukce komplexity v mnohorozměrných datech.

V současné době řeší prestižní matematický projekt Neuron Impuls od Nadačního fondu Neuron na podporu vědy. Vede i několik diplomových prácí na MFF UK. Je členem České statistické společnosti, Mezinárodní společnosti pro klinickou biostatistiku a České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně.

Při molekulárně genetických studiích je obvyklé, že se měří genová aktivita (exprese) řádově desítek tisíc genů na pouhých desítkách pacientů. Cílem analýzy pak je například určit diagnózu nového jedince na základě porovnání jeho genových aktivit s naměřenými hodnotami u různých skupin pacientů.

Standardní statistické metody však trpí tzv. prokletím dimenzionality, to znamená, že je buď nelze rychle spočítat pro tak velké počty genů, anebo je nelze spočítat vůbec.

Rozcestník

Kde sledovat další přednášky?

Výrazně si zjednodušíme celou analýzu, pokud dokážeme nejprve najít malou sadu těch genů, které nejvíc přispívají k odlišení jednotlivých skupin pacientů. Pak stačí hledat pravidlo pro určení diagnózy právě jen na základě této malé skupiny genů. V prezentaci popíšeme naši nově navrženou statistickou metodu pro hledání malé sady významných genů, která je navíc dostatečně spolehlivá i v situaci, kdy jsou naměřené hodnoty zatížené výraznou chybou měření.

Autor:

Přechod na DVB-T2

Od 27. 11. probíhá postupný přechod na vysílací standard DVB-T2. Proces by měl být dokončen do poloviny roku 2020. Diváci si tak musí pořídit televizi s podporou kódování H.265 (HEVC) nebo starší televizi doplnit vhodným set-top boxem.

  • Nejčtenější

V Benešově udeřil virus, který vydírá nemocnice i města po celém světě

V benešovské nemocnici pravděpodobně zaútočil typ počítačového viru, který dokáže z provozu vyřadit policii, úřady i...

Molotovův koktejl: finský lihovar přinášel zkázu sovětským tankistům

Podobně jako nouze naučila Dalibora housti, museli se finští obránci během zimní války spolehnout v boji se sovětskými...

Nevíte co? Tipy na dárky, o kterých možná nevíte, že existují

„Hele, to je dobré, to jsem neznal,“ překvapí nás občas někdo údivem nad věcí, kterou považujeme za docela běžnou....

USA testují vojáka budoucnosti. Přes brýle uvidí nebezpečí a neztratí cíl

Na vojenské základně Fort Pickett ve Virginii testují vojáci brýle s průhledovými displeji IVAS (Integrated Visual...

{NADPIS reklamního článku dlouhý přes dva řádky}

{POPISEK reklamního článku, také dlouhý přes dva a možná dokonce až tři řádky, končící na tři tečky...}

Nahaté fotky v telefonu skryje před cizími zraky šikovná aplikace

Do přehledu užitečných mobilních aplikací jsme tentokrát zařadili například aplikaci, která vyhledá a skryje lechtivé...

Premium

Neustále se mě ptají na honorář, říká „holčička“ z reklamy s prasátkem

Tak nám ta malá holčička z prasátkové reklamy na kofolu trochu povyrostla. Už jí je dvacet, jmenuje se Sandra Flemrová...

Premium

Na Gottově pohřbu jsem se bál, že spáchám atentát na Zemana, říká Strach

Každý se ho ptá na Anděla Páně 3. Jiří Strach ale trpělivě vysvětluje, že to nezáleží jen na něm. „Rozhodujeme o tom...

Premium

Zalepili matce prsa, aby nemohla kojit. Při příbězích z Osvětimi pláče i průvodce

Lukáš Lev provází v koncentračních táborech a popisuje nacistická zvěrstva. Jeho babička si však stála za tím, že za...

  • Další z rubriky

DNA člověka lze změnit, řekla v Rozstřelu forenzní genetička

Práce forenzní genetičky zasahuje do mnoha oblastí. Halina Šimková, která byla hostem čtvrtečního Rozstřelu, se právě...

V čem se nejen Burian pletl. Obří dinosauři si hlubokou vodu neužívali

Největší dinosaury historie vědci i poučení ilustrátoři jako Zdeněk Burian považovali za tvory, kteří své kostře...

Dětem s upravenou DNA nehrozí předčasná smrt. Ve studii byla chyba

V létě zveřejněná studie naznačovala, že první děti s cíleně upravenou DNA možná mají menší šanci dožít se vysokého...

Vědci pomocí chladiva „zastavili“ mozek člověka, aby mu zachránili život

V USA běží klinická zkouška účinnosti "podchlazení" těla vážně raněných na teploty až kolem pouhých 10° C. Krev...

Akční letáky
Akční letáky

Prohlédněte si akční letáky všech obchodů hezky na jednom místě!

Najdete na iDNES.cz