Sedmnáct duelů vynechal kvůli zlomené čelisti nebo patáliím s loktem. "Patrik má tolik smůly, že jsem to u žádného jiného hráče během posledních dvou let neviděl," přiznal kouč Atlanty Curt Fraser. "Jakmile se dostane do tempa, znovu se zraní."
Když mu trenér oznámil, že ho posílá na farmu, byl prý Štefan velmi naštvaný. Alespoň tak podle kouče vypadal. Jedenadvacetiletý hráč se totiž na tuto sezonu hodně těšil, po minulé, kdy ho také sužovaly zdravotní problémy, si chtěl zlepšit náladu. "Chci odehrát všech 82 zápasů a mít velmi dobrý rok," přál si.
Jenže místo slávy přišlo znovu trápení. Štefan se v draftu roku 1999 umístil na prvním místě, patřil tehdy k největším talentům českého hokeje. Zatím však v Atlantě v NHL spíše tápal, nepotvrdil roli rozeného kanonýra. Podle některých zdrojů se navíc pochybovačně mluvilo o jeho tréninkové píli a nasazení.
Štefan během necelých tří sezon v Atlantě nastoupil ke 143 utkáním, v nich si připsal 16 gólů a 41 asistencí. Téměř čtyřicet zápasů musel vynechat kvůli nejrůznějším poraněním.