U každé země shodně ve třech případech.
Podle nynějšího systému se Intertoto Cup hraje teprve pošesté a v posledních ročnících v něm Češi hrají významnou roli.
Sobotním postupem do semifinále soutěže Brno a Liberec navázaly na předchozí tři ročníky, v nichž se vždy alespoň jeden zástupce České republiky dostal mezi posledních dvanáct týmů. Nejdále se zatím dostala před třemi lety Olomouc, která ztroskotala až ve finále.
Sigmě tehdy vzalo naděje Udine, a italské kluby vůbec představují pro české celky největší nebezpečí. Před rokem v semifinále ukončila teplickou cestu Boloňa, o rok dříve ve stejné fázi vypadly Blšany s Bresciou. Chmelaři byli v semifinále také o rok dříve, ale tehdy je vyřadila v bratrovražedném boji právě olomoucká Sigma.
Výsledky českých klubů v Poháru Intertoto (současný model soutěže od roku 1998):
1998: Brno - 2. kolo
Hradec Králové - 2. kolo
1999: Brno - 2. kolo
Hradec Králové - 1. kolo
2000: Olomouc - finále (vyřazen od Udine)
Blšany - semifinále (vyřazeny od Olomouce)
Příbram - 3. kolo
2001: Synot - 3. kolo
Blšany - semifinále (vyřazeny od Brescie)
2002: Brno - 1. kolo
Synot - 3. kolo
Teplice - semifinále (vyřazeny od Boloni)
2003: Synot - 3. kolo
Liberec - ? (v semifinále se střetne se Schalke)
Brno - ? (v semifinále se střetne s Villarrealem)
