V polovině 70. let pracovala krátce jako úřednice. Po listopadu 1989 byla poradkyní ministra práce a sociálních věcí, redaktorkou a zástupkyní ředitele pražského Městského centra sociálních služeb a prevence (1998-2001). Od roku 2001 působila šest let jako zástupkyně ombudsmana Otakar Motejla. Od roku 2008 do loňského března vedla Český helsinský výbor.
Šabatová se před listopadem 1989 se angažovala v disentu, patří k prvním signatářům Charty 77, v roce 1986 byla i její mluvčí. V letech 1978 až 1990 byla členkou Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných, jehož je spoluzakladatelkou, a podílela se na vydávání periodika Informace o Chartě 77.
Je dcerou politologa Jaroslava Šabaty a manželkou novináře a politika Petra Uhla, mají tří děti. Kvůli disidentské činnosti ji komunistický režim perzekvoval a v letech 1971 až 1973 věznil. Celoživotně se angažuje v oblasti ochrany lidských práv, zajímá se o sociální politiku v širším slova smyslu.
Je držitelkou řady vyznamenání, například Medaile Za zásluhy (2002), Ceny OSN za obranu lidských práv (1998) a Ceny Alice Garrigue Masarykové (2010).
Jako zástupkyně ombudsmana čelila kritice v souvislosti s tzv. kuřimskou kauzou. V tomto případě týraných dětí podle kritiků měla kontaktovat sociální pracovníky poté, co se seznámila s příběhem údajné třináctileté Aničky, dítěte bez identity (později se ukázalo, že se jedná o dvaatřicetiletou Barboru Škrlovou).
Šabatová kritiku odmítla s tím, že ve věci postupovala podle svého nejlepšího vědomí. Podpořil jí i ombudsman Otakar Motejl.
