V novém tisíciletí se nad hvězdárnou začala obrazně řečeno stahovat mračna. V březnu 2005 Chicagská univerzita oznámila, že chce prodat jak observatoř, tak i pozemek, na kterém se nachází. Přihlásili se dva zájemci – Aurora University (Aurorská univerzita) a developer Mirbeau, který chtěl pozemek využít ke stavbě luxusních domů. Univerzita vydala 7. června 2006 prohlášení, že hvězdárnu s pozemkem za cenu osm milionů dolarů získá developer Mirbeau. Musel však splnit některé podmínky. Patřilo mezi ně, že stavbou nebudou dotčeny některé části pozemku u břehu jezera a hvězdárna spolu s jejím okolím o rozloze 30 akrů zůstane zachována.
Mirbeau měl v plánu postavit letovisko o kapacitě sto pokojů vybavené lázněmi, parkovištěm a dalším zařízením. Dalších 72 domů pak chtěl postavit v blízkosti observatoře. Proti tomuto záměru se však postavil místní úřad na ochranu vod spolu s ochránci přírody a dalšími organizacemi. Kvůli tomu a také s ohledem na veřejné mínění, univerzita své plány na prodej pozastavila. Zároveň její oddělení astronomie a astrofyziky ve spolupráci s pracovníky hvězdárny a dalšími představiteli vytvořilo studijní skupinu, která dostala za úkol vypracovat zprávu k nastalé situaci. Tato skupina doporučila vytvoření obchodního plánu, který by ujasnil podmínky transakce, financování a vypořádání vlastnických práv. Také poukázala na to, že by univerzita měla svou činnost více sladit s místními zájmy a navrhla některé pozemky prodat za účelem zástavby pro trvalé bydlení.
Na nějakou dobu bylo nebezpečí zažehnáno, ale další nepříznivá zpráva přišla v březnu 2018. Chicagská univerzita oznámila, že od 1. října již nebude observatoř provozovat a hledá pro ni nového vlastníka. Zájem projevila nezisková organizace Yerkes Future Foundation (Nadace budoucnosti Yerkes), kterou založili místní obyvatelé. Jednání bylo velmi komplikované, zdlouhavé a změnu vlastníka se podařilo úspěšně dokončit až v květnu 2020. Mezitím byla hvězdárna od října 2018 pro veřejnost uzavřena. Teprve po převodu vlastnických práv se nadace mohla pustit do rekonstrukce a obnovy jak observatoře, tak i celého areálu. Nové otevření proběhlo 27. května 2022 a od stejného data se rozběhly i prohlídky pro veřejnost.
Tím jsme se dostali do finále a představili si všechny čočky astronomických přístrojů o průměru 100 centimetrů a více. Pokud by vám to nestačilo a chtěli byste vědět, která čočka skončila na pátém místě, tak i o ní už byla v článku malá zmínka. Jedná se o dvojici čoček, které mají průměr 91 centimetrů a společně tvoří objektiv dalekohledu Jamese Licka. Ten najdete na Lick Observatory (Lickova observatoř), která stojí nedaleko města San José v americkém státě Kalifornie.