Konec teorie, je čas na praxi
Protože Mary Aquinas Kinskey chtěla o letectví vědět víc než jen to, jak fungují modely letadel, přihlásila se v roce 1938, společně se sestrou Marie Paul, do pilotního kurzu v Manitowoc. V té době se na starém kontinentu schylovalo k dalšímu světovému konfliktu. Spojené státy se za oceánem tvářily, že se jich to netýká. Ale nic netrvá věčně. Útok na Pearl Harbor rázně umlčel pacifisty a zatáhl Američany do války.
Kromě leteckého výcviku pokračovala Mary Aquinas Kinskey v dalším studiu, tentokrát na Notre Dame University ve státě Indiana, kde v roce 1942 obhájila práci Electron Projection Study of the Deposition of Thorium on Tantalum a získala magisterský titul. Mezitím se světový konflikt rozhořel v plné síle a válčiště v Evropě a Pacifiku polykala tisíce lidských životů. Bojiště potřebovala nové vojáky, námořníky a letce.
Mary Aquinas Kinskey nemínila nečinně přihlížet a po promoci v Notre Dame se začala podílet na teoretické přípravě nových letců. Na St. Ambrose High School v Ironwoodu ve státě Michigan začala vyučovat aerodynamiku a meteorologii. Mezitím stihla sama složit pilotní zkoušky a od roku 1943 se stala držitelkou licence soukromého pilota.
V té době se již začala o řeholní sestru s „piloťákem“ zajímat média. Známá americká fotografka a reportérka Ann Rosenerová nafotila s Mary Aquinas Kinskey sérii snímků s cílem poukázat a vyzdvihnout podíl žen na válečném úsilí. Také pedagogický talent Mary Aquinas Kinskey nezůstal bez povšimnutí. Úřad pro civilní letectví ji požádal, zda by na své alma mater Catholic University ve Washingtonu nemohla vyučovat budoucí pilotní elévy teoretické předměty spojené s letectvím.
Mary Aquinas Kinskey souhlasila a postupně učila konstrukci letadel, aerodynamiku, teorii letu a základy elektroniky. V té době si od studentů vysloužila přezdívku „Flying nun“ (Létající sestra). Kromě pedagogických aktivit byla členkou Občanských leteckých hlídek založených v prosinci 1941. Cílem této organizace, využívající malá civilní letadla, bylo a je ulehčit leteckým složkám amerických ozbrojených sil přebíráním pomocných úkolů, jako je hlídkování, protiponorkové patroly, přeprava raněných nebo kurýrní služba.