Jádrem systému budou tři kmenové registry spravované Ústavem zdravotnických informací a statistiky. Půjde o registr poskytovatelů zdravotních služeb, zdravotnických pracovníků a pacientů. Budou propojeny v neveřejný celek, do kterého budou moci vstupovat jen oprávněné osoby při zachování ochrany osobních údajů. Každý přístup bude zaznamenán.
Zdravotníci budou moci systém využívat s osobním certifikátem, zaručeným elektronickým podpisem, časovým razítkem nebo elektronickou pečetí pro sdílení dokumentů. Užívání nástrojů zákona bude podle dřívějších informací pro zdravotníky dobrovolné, účastníci ale budou muset dodržovat nastavená pravidla.
Pacienti budou mít přes portál elektronického zdravotnictví přístup k tomu, jaké informace jsou o nich v registrech vedeny. Výpis bude možné získat také prostřednictvím kontaktních míst veřejné správy. Už v současné době informace o péči, která je každému pacientovi poskytnuta, respektive zaplacena, evidují zdravotní pojišťovny.
