Nic není dokonalé a o elektronických obchodech to platí dvojnásob. Ne snad, že by problémů bylo víc než v kterékoliv 
iné oblasti, ale jedná se poměrně novou věc, ve které zůstává ještě stále mnoho otázek nedořešených. Technologické prvky popsané v předchozích částech umožňující bezpečné obchodování na internetu v současné době ověřuje většina evropských bank, nemluvě o americkém kontinentu. Někteří odborníci však vyjadřují i jisté obavy před přílišným optimismem a vyzdvihováním technologie nad obvyklé, psychologicky podmíněné, lidsky opatrné chování. Jednoduchý mechanismus telefonních a písemných objednávek je rozšířen o elektronické prvky, a teprve budoucnost ukáže jejich rozšiřitelnost.
Důvěryhodnost. Dosud relativně nízká důvěra v internet pro realizace plateb musí být zvýšena kvalitními službami. Pokud specifikace systému SET v praxi vykáže nedostatky, pak je hrozícím rizikem snadná ztráta důvěry veřejnosti v internetové obchodování. Větší důležitosti než jednoduché platební procesy možná nabudou služby poskytované mezi samotnými obchodníky coby koncovými uživateli.
Trhy. Význam bude mít definování cílových segmentů obchodníků tak, aby se projevila dobrá návratnost vynaložených zdrojů a proniknutí mezi zákazníky. V přijímání karet vždy docházelo ke kompromisům, které nikdy neuspokojily všechny obchodníky. Odhaduje se, že na rozvinutých trzích v některých zemích je 40% - 50% platebních transakcí generováno 30 - 40 největšími obchodníky. Tito obchodníci by chtěli poskytovat minimální rozsah sortimentu za nejnižší ceny. Zbývající trh, okolo 90%, jsou malé a střední podniky, které chtějí poskytovat širší škalu produktů a pestřejší nabídku služeb. Elektronické obchodování se může ubírat stejnými cestami. Velké organizace, využívající internet, nabízejí již dnes prodej prostřednictvím on-line katalogů, půjčovny aut a hotely, cestovní kanceláře, informační služby, CD a knihy, prvky počítačů a programy, a samozřejmě finanční služby. Riziko spočívá v tom, že všechny přijímající banky se zaměří na stejné typy obchodníků, poskytujících nízké ceny a pro banky to bude příliš malý segment na to, aby byl výnosný. Na druhé straně rozvoj obchodování táhnou výrobní podniky a zejména vzájemný prodej mezi výrobci (business-to-business).
Certifikační rizika. Tradiční obchodníci mohou přijímat platby několika způsoby. Internetový obchodníci se musí spolehnout pouze na metodu SET a elektronické platby. Z tohoto hlediska certifikáty vydané pod symbolem VISA nebo MasterCard/Europay vytvoří pro zákazníky nezbytnou záruku spolehlivosti; vyhodnocování obchodníkova rizika certifikačním úřadem před vydáním certifikátu bude obtížné u nově vznikajících internetových obchodníků. Již dnes je v Evropě odmítáno velké množství obchodníků žádajících o smlouvu nan přijímání karet pro možné bankroty, podvody nebo předpokládanou vysokou úroveň reklamací. Virtuálního obchodníka nelze prověřit osobní návštěvou (nebo je to ve většině případů obtížné), nemá provozovnu, může pracovat se subdodavateli zboží a navenek vystupovat na webové stránce. Certifikační procedura těchto obchodů je mnohem složitější než pouhé vydání veřejných klíčů. Certifikace musí zahrnout osvědčení obchodníka jako organizace prověřené podle pravidel mezinárodních asociací včetně složitého vyhodnocení finančního rizika virtuálního obchodníka, zejména u zcela nových obchodních entit (což bude v "cyberprostoru" spíše pravidlem než výjimkou). Prověření obchodníka je také mnohem nákladnější než dosud.
Cena. Při kalkulaci ceny za připojení obchodníka do systému bezpečných elektronických transakcí je zvýšené riziko nastavení špatné úrovně ceny. Zdálo by se, že připojení obchodníka lze uskutečnit s mnohem menšími náklady než dosud. Analýzy však ukazují, jak nákladná je implementace bezpečnostních standardů SET!
Interchange. Tímto pojmem se označuje poplatek, který získává banka vydávající karty za každou transakci "své karty" v systému bezhotovostního placení. Poplatek jí platí banka přijímající, a ta jej získá stržením provize obchodníkovi. Zatím není zřejmé, jak se bude poplatek s SET systému vypočítávat. Jedna teorie prosazuje snížením poplatků s odkazem na vyšší bezpečnost transakcí ve virtuálním systému, tedy na nižší úroveň podovdů. Naopak se zdá, že pro vydávající banku náklady porostou vlivem složitější certifikace držitelů karet. Další vliv na náklady má nárůst objemu reklamací. Zboží je doručováno z celého světa, může být vadné nebo nemusí být doručeno vůbec a náklady na řešení reklamací jsou vyšší než řešení klasických telefonických a písemných objednávek. Tato hlediska budou mít rozhodující vliv na stanovení výše poplatků a musí být pružně upravována podle rozvoje nového elektronického obchodování.
A co říct na závěr? Získávání internetových obchodníků nabízí nové příležitosti pro banky a potenciál dalšího (tolik potřebného) růstu ekonomiky. Nicméně existující zmíněná rizika mohou nástup pozdrže, učinit ekonomicky nevýhodným nebo poškodit důvěru zákazníků. Vše proto zůstává otevřené a hledání nových "bezpečných" systémů stále pokračuje - viz např nyní tolik proklamovaná Monetka nebo systém mikroplateb I like Q.
