V Kane's Wrath si autoři vyhráli s příběhem, který, jak už název napovídá, zasvětili holohlavému mizerovi. Možná vás překvapí, že děj startuje tam, kde nekončili Tiberium Wars, nýbrž Tiberian Sun, což je předchozí díl. Tím se dostanete do zajímavé perspektivy po konci druhé tiberiové války, kterou odvypráví první akt. Tehdy se GDI a NOD odhodlali k bezprecedentní spolupráci a ruku v ruce se jim podařilo zničit nepříjemnou umělou inteligenci CABAL. Jenže NOD není mírumilovnou organizací a příměří mu rozhodně nevyhovuje. Byť se ho mnozí snaží udržet, vede to pouze k rozpadu Bratrstva na několik znepřátelených skupin. Duchovní i politický vůdce Kane přitom mizí, mnozí si myslí, že zemřel, a tak bojují o moc. Jak ale dobře víme, Kane tahá z ústraní za nitky a vy to coby jeho pravá ruka pocítíte. V roli vůdce jedné z odštěpeneckých frakcí se snažíte o znovusjednocení NODu, aby se vůdce mohl vrátit k hotovému. A jak tušíte, jeho nová etapa začíná dobře známým útokem na orbitální stanici GDI jménem Philadelphia. Třetí tiberiová válka začíná.