Naproti tomu evangelická církev otevřela po roce 1989 jeden nově postavený kostel, církev bratrská tři. Dva z nich postavil architekt Zdeněk Fránek (o jeho stavbách více zde), v Černošicích a v Litomyšli. Právě ty patří mezi několik málo kostelů, o nichž odborníci mluví jako o kvalitních současných stavbách, většina nových kostelů kvalitu postrádá.
Česká komora architektů také kritizuje fakt, že málokdy podoba kostela, který je výraznou dominantou ve svém prostředí, vzejde z architektonické soutěže. Mnoho nových kostelů bylo postaveno na místech staveb zničených totalitními režimy, novostavby vyrůstají relativně rychle a často neoplývají výraznou výzdobou. Za 20 let bylo v zemi postaveno více chrámů než za celé století.
Kostel sv. Ducha, Staré Město
Smutným rekordmanem je staveniště kostela ve Starém Městě u Uherského Hradiště, který vzniká už 12 let.
Z plánovaného kostela sv. Ducha ční k nebi 43 metrů vysoké věže, projekt slovinského architekta Iva Goropevšeka už přitom stál přes 80 milionů, místní mu kvůli zmíněným věžím přezdívají Temelín.
Většina nových katolických kostelů vyrostla na Moravě. Část novostaveb navazuje na tradiční sakrální architekturu, jiné jejich tvůrci pojali odvážně s odkazem na podobné stavby vznikající ve 20. století ve svobodném světě. Jen málokteré tuzemské stavby vyvolaly svou kvalitou větší ohlas, kromě zmíněných Fránkových staveb to byl třeba trapistický klášter v Novém Dvoře.
Trapisté zrekonstruovali barokní statek a doplnili ho novostavbou dle návrhu britského architekta Johna Pawsona. Minimalistická stavba získala několik ocenění včetně Ceny klubu za starou Prahu pro novostavbu v historickém prostředí, kritika ji označovala za klášter pro nové tisíciletí a srovnávala s významnými sakrálními stavbami 20. století, mimo jiné s Le Corbusierovým La Tourette či se stavbami Rudolfa Schwarze.
Kostel Nanebevzetí Panny Marie, Nový Dvůr
Fránkův kostel v Litomyšli se střídavě skloněnými pultovými střechami byl nominován na prestižní Cenu Miese van der Rohe, podobně jako kaple Sv. Antonína v Černé na Žďársku od architektů Ladislava Kuby a Tomáše Pilaře.
Drobná dřevěná stavba ve tvaru lodi budila nadšení i nepochopení, lépe autoři dopadli s kaplí Panny Marie Královny, kterou v Jestřebí u Brtnice postavili v 90. letech a která v jednoduché formě navazuje na tradice barokních kapliček.
Zatímco tradičně stávaly kostely v centru obce, po roce 1989 vznikaly spíše právě v okrajových oblastech měst. Na jednom z brněnských sídlišť, v Lesné, by mohla vyrůst další stavba podle projektu Zdeňka Fránka, navrhl ji už v 90. letech a postavily se již základy pro stavbu. Později se zadavatel rozhodl pro soutěž, v roce 2012 ji komora architektů označila za neregulérní a o jejím pokračování nemá informace.
V moravské metropoli vznikl na sídlišti už první porevoluční kostel na území brněnské diecéze, v Žabovřeskách ho iniciovali Salesiáni Dona Boska. Ti nyní plánují kostel na dalším brněnském sídlišti Líšni. V tomto případě byly výsledky architektonické soutěže, do níž se přihlásilo 74 zájemců, oznámeny v květnu. Za neobsazeným prvním místem porota druhou cenu udělila Tomáši a Martině Kodetovým.
Jedním z mála kostelů, které byly postavené v centru města, je kostel sv. Václava v Břeclavi. Postavil ho Ludvík Kolek, kterému někteří s nadsázkou přezdívají Dientzenhofer 20. a 21. století, protože má za sebou v Česku asi nejvíc kostelů. Jeden dokázal postavit i za totality - v Senetářově u Blanska (více zde).
Moderní kostel v Senetářově navrhl sochař a malíř Ludvík Kolek
Stavbu s corbusierovským vlivem v interiéru zdobí křížová cesta od Mikuláše Medka. V 90. letech podle Kolkových návrhů vznikly kostely v Hustopečích na Břeclavsku, v Horní Libochové a ve Slavkovicích na Vysočině a ve Služovicích na Opavsku.
Počátkem 21. století ho jistým způsobem nahrazuje brněnský architekt Marek Štěpán, z jehož tvorby je známý nový kostel v Ostravě Zábřehu, podle jeho projektů vzniklo i několik menších staveb v Ostravě a okolí, za kostel sv. Ducha v Šumné v roce 2010 získal již zmíněnou Cenu Klubu Za starou Prahu.
V roce 2009 vytvořil areál pro návštěvu papeže Benedikta XVI. na letišti v Brně, což je také sakrální architektura, byť dočasného trvání. Podobný objekt pro Benediktovu zastávku ve Staré Boleslavi tehdy vznikl podle návrhu ateliéru DaM.
Kostel svatého Václava v Břeclavi od architekta Ludvíka Kolka
V Praze byl prvním kostelem postaveným po roce 1989 kostel Neposkvrněného početí Panny Marie ve Strašnicích, který byl vysvěcen právě před 20 lety, 17. června 1994. Kostel vznikl podle projektu architekta Jiřího Synka, který poté také několik sakrálních staveb rekonstruoval, ale mezi jeho první realizace patří motorest Devět křížů na dálnici D1.
