Ali byl zadržen v červnu 2003 při svých studiích na saúdskoarabské univerzitě a dalších dvacet měsíců byl držen v Saúdské Arábii ve vězení, než byl vydán do USA.
Podle obžaloby se přiznal k tomu, že je členem buňky Al-Káidy a že se účastnil diskusí o různých možnostech útoků na Spojené státy, včetně atentátu na prezidenta.
Obhajoba však tvrdí, že toto přiznání bylo z Aliho vynuceno ve věznici příslušníky saúdskoarabských bezpečnostních sil bičováním, kopáním a dalšími způsoby mučení.
Ali svou vinu nyní odmítá ve všech devíti bodech obžaloby.
