Ježek jsou rezignaci poslal poštou a faxem ministru zahraničí Janu Kavanovi. Ten ji ovšem zatím nepřijal, neboť je do poloviny týdne v zahraničí.
Ježek zůstane komisařem, dokud ho neodvolá vláda. Jako svého nástupce navrhuje ředitele kanceláře pro EXPO 2000, bývalého novináře a studentského člena komise pro vyšetřování událostí 17. listopadu Václava Bartušku.
"Ve chvíli, kdy jsou lidé, kteří si myslí, že není slučitelné vykonávat tuto funkci a říkat nahlas, co si myslím, tak pro mě je důležitější říkat, co si myslím, než vykonávat tu funkci. Jsou také názory, které říkají, když někdo dělá takovouto práci, nemá podepisovat taková prohlášení," vysvětlil Ježek důvody svého odchodu. "Nechci, aby tohle byl způsob, jakým by se celá ta aktivita znevěrohodnila," dodal.
Proti Ježkovi se po zveřejnění výzvy "Děkujeme odejděte" objevily v tisku i výtky, že jako bývalý ředitel Českého rozhlasu spoluutvářel atmosféru ve společnosti, a proto nemá právo kritizovat nynější politickou situaci. Podobně se vyjádřil například i šéf ODS Václav Klaus, který Ježka označil za papaláše, jež těžko může vystupovat proti establishmentu.
Česká republika Ježkovým odchodem přichází již o druhého generálního komisaře zajišťujícího účast na hannoverské výstavě. První komisařku, Hanu Havlovou, odvolal kabinet koncem léta pro neprůhledné hospodaření. Ježek doufá, že jeho odstoupení neohrozí nabitý harmonogram příprav EXPO, které se koná příští rok v červnu.