V nedělní, v druhé části kvalifikace, Alonso ještě zvýšil svůj náskok před soupeři ze soboty, a s náskokem čtvrt vteřiny si zajistil start z prvního místa.
Dařilo se i Toyotám. Trulli unikl Fisichellovi a pohodlně si zajistil místo v první řadě i ve druhém závodě roku. V Austrálii s ním ale příliš dobře nenaložil - nebodoval.
Polepšil si Mark Webber s Williamsem, který poskočil na čtvrté místo před Räikkönena. McLarenům se vůbec v druhé části kvalifikace nedařilo. Räikkönen se propadl na šesté místo a Montoya dokonce spadl z první desítky. Do ní se naopak posunuli jezdci týmu Red Bull.
V minisouboji týmu Ferrari porazil Barrichello Schumachera a začne ze dvanáctého místa.
Pořadí na startu Velké ceny Malajsie F1:
| POŘADÍ | JMÉNO | NÁRODNOST | TÝM | ČAS |
| 1. | Fernando Alonso | Španělsko | Renault | 3:07,672 |
| 2. | Jarno Trulli | Itálie | Toyota | +0,253 |
| 3. | Giancarlo Fisichella | Itálie | Renault | +0,776 |
| 4. | Mark Webber | Austrálie | Williams | +1,232 |
| 5. | Ralf Schumacher | Německo | Toyota | +1,335 |
| 6. | Kimi Räikkönen | Finsko | McLaren | +1,811 |
| 7. | Christian Klien | Rakousko | Red Bull | +1,917 |
| 8. | David Coulthard | Velká Británie | Red Bull | +2,028 |
| 9. | Jenson Button | Velká Británie | B.A.R. | +2,160 |
| 10. | Nick Heidfeld | Německo | Williams | +2,245 |
| 11. | Juan Pablo Montoya | Kolumbie | McLaren | +2,418 |
| 12. | Rubens Barrichello | Brazílie | Ferrari | +3,830 |
| 13. | Michael Schumacher | Německo | Ferrari | +3,961 |
| 14. | Felipe Massa | Brazílie | Sauber | +4,212 |
| 15. | Anthony Davidson | Velká Británie | B.A.R. | +4,218 |
| 16. | Jacques Villeneuve | Kanada | Sauber | +5,323 |
| 17. | Narain Karthikeyan | Indie | Jordan | +9,984 |
| 18. | Tiago Monteiro | Portugalsko | Jordan | +10,290 |
| 19. | Patrick Friesacher | Rakousko | Minardi | +13,514 |
| 20. | Christijan Albers | Nizozemsko | Minardi | +15,329 |
