Fotbalisty Hoffenheimu, mezi které patří i český obránce Pavel Kadeřábek, přezval Nagelsmann v únoru 2016. V osmadvaceti letech se tehdy stal nejmladším hlavním koučem v bundesligové historii.
Mužstva se ujal na předposledním místě tabulky a vybojoval s ním záchranu. V dalších sezonách předvedl Hoffenheim pod jeho vedením výrazný pokrok: loni vybojoval čtvrté a letos třetí místo.
V Lipsku po sezoně skončil Rakušan Ralph Hasenhüttl a loňský vicemistr je momentálně bez trenéra.
Nagelsmann mohl na lavičku východoněmeckého klubu zasednout už během tohoto léta, nedovoluje mu to však smlouva. Klauzuli, která je v ní zakotvena, je totiž možné využít až od roku 2019.
Kromě Realu Madrid už dříve Nagelsmann odmítl i zájem Dortmundu a Bayernu Mnichov, dle vlastních slov byl v Hoffenheimu spokojený. Jeho jméno bylo spojováno i s trenérskou pozicí v Arsenalu, kterou ale nakonec obsadil Unai Emery.