Mursí a další desítky osob dostaly trest smrti za organizaci hromadného útěku z vězení v roce 2011. V jiném procesu byl poslán za mříže na 25 let za spiknutí s palestinským hnutím Hamas a libanonským Hizballáhem s cílem destabilizovat Egypt.
V dalším řízení jej soud zbavil svobody na 20 let za podněcování k násilí při incidentech, ke kterým došlo během jeho vlády. Čelil také obvinění ze špionáže, neboť údajně poskytoval státní tajemství a důvěrné dokumenty Kataru.
Mursí z nyní zakázaného Muslimského bratrstva byl prvním demokraticky zvoleným prezidentem po revoluci v roce 2011, která otřásla Egyptem v rámci takzvaného arabského jara. Zemi ale vedl podle zásad islamistů, což vedlo k četným protestům liberálních Egypťanů.
Po vlně protivládních demonstrací v létě 2013 svrhl Mursího vojenský puč, který vedl současný prezident Abdal Fattáh Sísí. Současný režim tvrdě zakročil proti Muslimskému bratrstvu. Teď je skupina v Egyptě řazena k teroristickým organizacím, tisíce jejích členů a stoupenců jsou ve vězení a při procesech s nimi padají vysoké tresty.
