Podle informací tajných služeb, které cituje německý tisk, však detailní plány obsahující dokonce popis možných napadených objektů nebyly bezpečnostními experty označeny za konkrétní nebezpečí.
Projekt s názvem "Bojinka" byl náhodně objeven v lednu 1995 při policejním zátahu na Filipínách. Speciální komando tehdy v Manile zatklo sebevražedného atentátníka a další spiklence při přípravách napadnout papeže Jana Pavla II. Při prohledání bytu, v němž útok plánovala tříčlenná skupina, našli vyšetřovatelé v počítači plány pro operaci "Bojinka". Ta předpokládala vyhodit do vzduchu až jedenáct dopravních letadel.
Další variantou měl byl únos několika amerických letounů, které měly být navedeny na civilní nebo vojenské cíle. Mezi nimi figurovaly Světové obchodní centrum v New Yorku a centrála CIA v Langley. Terčem atentátů se podle údajů filipínských bezpečnostních kruhů měl stát také Sears Tower v Chicagu.
Vyšetřovatelé se tehdy soustředili pouze na plán propašovat bomby do letadel. Variantu "kamikadze" zcela podcenili a nepředpokládali, že by se opravdu našli sebevražední piloti.
Podle dalších údajů měl bin Ládin už v polovině devadesátých let za pomoci afghánského letce a pákistánského generála začít s výcvikem sebevražedných pilotů. Plán "Bojinka" se dokonce objevil v aktech soudního procesu v New Yorku v letech 1997 a 1998, kdy byli souzeni agenti Usámy bin Ládina, kteří se spolupodíleli na prvním útoku na Světové obchodní centrum 26. února 1993.
Při explozi 500 tun výbušniny přišlo o život šest lidí a tisícovka byla zraněna.
Západním tajným službám bylo známo, že jeden z teroristů udržoval úzké kontakty se skupinou radikálních muslimských aktivistů Abú Sajáfa na Filipínách.
Pikantní je, že o plánech akce "Bojinka" věděly nejenom americké bezpečnostní služby FBI a CIA, ale také německá zpravodajská služba, která rovněž podcenila spojení s filipínskou spojkou. Němečtí kriminalisté poukazují na to, že měli co do činění s tolika stopami z teroristické scény, že nemohli všechny brát vážně.
