Vojáci ráno obklíčili prezidentův dům, pak do něj vjelo několik nákladních vozidel, která posléze opustila dům. Od té doby se prezident neukázal. Podle agentury AP armáda Zelayu přepravila na leteckou základnu na předměstí hlavního města Tegucigalpy.
Později armáda odvezla prezidenta do Kostariky. Zelaya odtud své příznivce v Hondurasu vyzval k odporu.
Prezident na neděli vyhlásil referendum o ústavních změnách, které by mu umožnily zůstat v čele země. Kontroverzní plebiscit však vyvolával konfliktní situace už v minulých dnech. Armádní velení odmítlo pomoci referendum uspořádat, prezident vzápětí nejvyšší velení odvolal, ale nejvyšší soud nařídil jeho obnovení. Zelaya prohlásil, že nařízení soudu neuposlechne.
Šéf generálního štábu Romeo Vásquez Velásquez už před několika dny oznámil, že referendum podpořit nemůže. Současně ale vyloučil možnost převratu. Za puč označil dnešní zatčení honduraského prezidenta venezuelský levicový lídr Hugo Chávez.
Státní zastupitelství a nejvyšší soud označily plebiscit v Hondurasu za nezákonný, ačkoli jeho výsledek nemá být právně závazný. Podle justičních odborníků jde o součást snah prosadit změnu ústavy neústavní cestou.
Evropská unie dnešní zatčení honduraského prezidenta odsoudila. České předsednictví EU oznámilo, že žádá jeho okamžité propuštění. Americký prezident Barack Obama se vyjádřil více diplomaticky a nestranně.
"Vyzývám všechny politické a sociální aktéry, aby respektovali demokratické normy a zákony," uvedl americký prezident.