Česká republika se tak ocitla ve válce, ve které je velmi obtížné dosáhnout konečného vítězství, ale v níž je třeba neustále potlačovat aktivity nepřítele se zcela odlišnými kulturně-politickými hodnotami. Tímto nepřítelem není konkrétní stát či aliance, ale velmi obtížně definovatelný subjekt – terorismus.
Nejnebezpečnější varianta soudobého terorismu je motivována islamismem. Jedná se o politický proud, který chce vytvořit celosvětový totalitní světový řád založený na islámském fundamentalismu. Proti svým protivníkům postupuje s neobyčejnou krutostí a fanatismem.
Usiluje o získání či použití zbraní hromadného ničení. Nejmilitantnější skupiny islámských teroristů se v posledních letech soustředily kolem bin Ládinovi sítě Al-Kajda, čímž vznikl jakýsi globální „teroristický holding“. Jeho akceschopnost, členská základna a výzbroj jsou mnohonásobně větší než u tradičních ultralevicových či etnicko-separatistických organizací typu italských Rudých brigád či Irské republikánské armády. Disponuje základnami a rozsáhlou sítí sympatizantů nejen v muslimských zemích, ale i v přistěhovaleckých komunitách v západních demokraciích.
Boj proti němu se odehrává v několika úrovních a na mnoha místech světa. Zpravodajské služby získávají informace o záměrech teroristů, jejichž buňky likvidují na území demokratických a prozápadních států policejní složky. Finanční orgány dohlížejí nad zmrazením kont různých nadací a firem, které se podílejí na financování terorismu.
Diplomatické aktivity směřují k utužení mezinárodní spolupráce v boji proti terorismu a k nátlaku na režimy, které teroristy podporují. V krajním případě pak „darebáckým státům“ hrozí vojenská protiteroristická intervence. V tomto směru je doposud nevýznamnější operace „Obnovená svoboda“, která znamenala výrazné omezení aktivit Al Kajdy a Talibanu na území Afghánistánu.
Do boje proti terorismu se ve spolupráci s USA, NATO i dalšími mezinárodními organizacemi zapojila i Česká republika. Základní koncepční dokument pro její angažovanost v protiteroristických aktivitách představuje „Národní akční plán boje proti terorismu“, jehož první verze byla schválena v roce 2002 (o rok později byl aktualizován). Odkazuje na něj i nová Bezpečnostní strategie České republiky z prosince 2003.
V tomto plánu jsou detailně rozpracovány úkoly jednotlivých bezpečnostních složek ČR (policie, armády, zpravodajských služeb, civilní ochrany apod.). Jejich vzájemná koordinace je mimořádně důležitá, přičemž schopnost spolupracovat se prokázala mj. při zajištění bezpečnosti summitu NATO v Praze v roce 2002.
Válka proti terorismu klade nové nároky i na Armádu ČR, což se projevuje i v současných vojenských koncepčních dokumentech a v jejich realizaci. Značná pozornost je věnována jednotce speciálních sil, která má nyní odletět do „první linie“ v Afghánistánu. V rámci Vojenské policie AČR vznikla v srpnu 2002 tzv. Special Operations Group se zvláštními protiteroristickými úkoly. Tradiční českou devízou jsou „chemici“, kteří mohou být nasazeni doma i v zahraničí, např. po teroristickém útoku zbraněmi hromadného ničení.
Pro angažovanost demokratických zemí ve válce proti terorismu je mimořádně důležitá i vnitropolitická podpora a ochota občanů vyrovnat se s zesílenými bezpečnostními opatřeními.
Problémy s vysvětlením podstaty a cílů protiteroristické kampaně a nepříjemné dopady protiteroristických postupů na veřejnost využívají ke své propagandě nejen islamisté a jejich spojenci, ale i antisystémové síly v západních demokraciích a různí bulvární „hledači senzací“. Z jejich řad se šíří nerůznější konspirační teorie o pozadí 11. září i celé protiteroristické kampaně. Pod rouškou „antimilitarismu“ a „humanity“ často fakticky napomáhají expanzi islamismu. Bezpečnostní politiku ČR však tyto trendy výrazněji neovlivnily, přestože jejich projevy lze na českém území rovněž vysledovat.
