Do operace mnohonárodních sil IFOR pod velením NATO se příslušníci Armády České republiky zapojili v únoru 1996 a plynule navázali účastí na misích SFOR a SFOR II. Český mechanizovaný prapor čítal v IFOR 834 osoby a měl za úkol oddělit od sebe znepřátelené strany konfliktu v Bosně a Hercegovině a v případě nutnosti i silou vynutit splnění mírových dohod z amerického Daytonu.
V současné době zůstává v misi SFOR II 15 českých vojáků. Zapojení Armády České republiky bylo členskými zeměmi NATO hodnoceno velmi pozitivně a připravilo Českou republiku na vstup do aliance a její plnohodnotné začlenění do vojenských struktur této bezpečnostní organizace.
12. března 1999 se Česká republika stala členem Severoatlantické aliance a 24. března 1999 dopadla na jugoslávské území první raketa NATO. Ihned po prvním náletu vydala česká vláda prohlášení, ve kterém se ani slovem nezmínila, že bombardování podporuje, nýbrž neopomněla sdělit, že o použití letecké síly se rozhodlo předtím, než jsme se stali členy NATO.
Na rozdíl od nově přistupujících zemí Polska a Maďarska, jejichž premiéři plně podpořili nálety NATO se Česká republika zapsala do dějin Aliance ostudnou polemikou o ne/podpoře zásahu. Václav Klaus ostře vystoupil proti postupu NATO a přidal se k profesoru Václavu Bělohradskému, který válku označil za levičáckou.
Naproti tomu z poslaneckého klubu Unie svobody zaznívaly hlasy o švejkovském mudrování a zbabělosti. Prezident republiky Václav Havel a český velvyslanec při NATO Karel Kovanda vystoupili s ostrou kritikou vlády a podpořili úsilí Severoatlantické aliance v boji proti genocidě páchané Srby na kosovských Albáncích. Česká republika si „z ostudy ušila kabát“ a její „specifický“ vstup do euroatlantických bezpečnostních struktur se neopomenutelně zapsal do dějin NATO.
Do operace AFOR, zaměřenou na humanitární pomoc kosovským uprchlíkům v Albánii vyslala Česká republika v květnu 1999 vojenskou polní nemocnici se stočlenným personálem.
Při zahájení mise KFOR v roce 1999 bylo v Kosovu asi 50 000 vojáků mírových sil, v současnosti má přibližně 17 000 vojáků a od května 2004 se plánuje snížení na 7 500. Nyní v česko- slovenském praporu, který má zhruba 500 lidí, slouží sto slovenských vojáků a 400 Čechů. Misí KFOR, které fungují od roku 1999, se dosud zúčastnilo kolem dvou tisíc českých a slovenských vojáků. 120 příslušníků Armády České republiky se zapojilo i do další operace NATO Essentials Harvest v Makedonii.
Vynikající výsledky české mise v Kosovu pouze poznamenala úsměvná episoda z ledna 2004, kdy byl odvolán velitel 4. česko-slovenského praporu KFOR v Kosovu Zdeněk Havala, který neuspěl při bezpečnostní prověrce a musel svoji funkci opustit. Důvodem jeho neúspěšné prověrky bylo to, že zatajil sedm let staré trestní stíhání kvůli krádeži.
Armáda České republiky se i přes počáteční faux pas vlády po vstupu ČR do NATO dokázala se svým posláním vyrovnat. Výkony příslušníků českých jednotek v mírových misích na Balkáně patří k nejvýše hodnoceným a účast České republiky je přijímána mezinárodní scénou nanejvýš pozitivně.
