Pernes podle Týdne ve své knize "Svět Lidových novin 1893-1993" vydané před 17 lety opsal pasáže z diplomové práce studentky brněnské univerzity Blanky Maškové z roku 1958, která mapovala éru šéfredaktora Lidových novin Arnošta Heinricha.
Na údajné opisování loni přišla studentka hudební vědy na Filozofické fakultě Masarykovy univerzity Libuše Janáčková, když pracovala na své diplomové práci o Leoši Janáčkovi a Lidových novinách. Procházela si publikace týkající se tématu její magisterské práce, mimo jiné i Pernesovu knihu a také Maškové diplomovou práci.
"Kniha Jiřího Pernese je téměř kompletním plagiátem práce paní Maškové," řekla serveru Týden.cz Janáčková. Server dále píše, že Pernes Maškovou cituje jen ojediněle a u většiny textu předstírá, že jde o jeho vlastní myšlenky.
Pernes, který tak čelí dalšímu obvinění z plagiátorství, nařčení odmítá a říká, že v úvodu své knihy Maškovou zmiňuje. "Srdečně tam děkuji paní Maškové a dalším autorům a píšu, že bez nich by má práce nevznikla," tvrdí. Navíc se hájí, že jeho text není vědeckou prací, ale popularizačním textem.
Členové samotné Rady ÚSTR nemají v otázce, zda se Pernes provinil, jednotný názor. Obvinění z plagiátorství bagatelizuje třeba Petruška Šustrová, opačný názor má Čestmír Čejka.
Pernes v čele ÚSTR nahradil Pavla Žáčka. Čelí kritice také proto, že při výběrovém řízení neuvedl docházku na Večerní univerzitu marxismu-leninismu. I obvinění z plagiátorství už na jeho adresu zaznělo. Podle některých kritiků by mohla být plagiátem jeho kniha Až na dno zrady: Emanuel Moravec. Pernes v ní prý částečně opsal diplomovou práci Josefa Vytlačila. Pernes i toto obvinění odmítl.
