Vylita vyšetřován ani obviněn prý ale není. Vzhledem k působení v NATO pokládá krok Národního bezpečnostního úřadu (NBÚ), proti kterému chce podat rozklad, za komplikaci i pro Českou republiku.
Vylita měl prověrku na stupeň tajné a kvůli své současné pozici požádal v roce 2013 o její rozšíření na stupeň přísně tajné. Tu nezískal a zároveň přišel o dosavadní prověření. Podle NBÚ jednal Vylita jako generální sekretář ministerstva proti zájmu na ochranu ekonomiky a proti zájmu na ochranu vnitřního trhu.
„Z důvodu utajování zpráv zpravodajské služby nemám právo se dozvědět, z čeho mě obviňují a jaký zájem České republiky jsem poškodil,“ uvedl. Domnívá se, že NBÚ vycházel ze zpráv vojenského zpravodajství. Nemá prý žádné náznaky, zda se jeho případ týká zrušených smluv nebo podezřelých transakcí za jeho působení na ministerstvu, či restrukturalizačních opatření.
Jako generální sekretář měl na starosti například restrukturalizaci státního podniku Letecké opravny Malešice (LOM) a úřad, tehdy vedený Alexandrem Vondrou (ODS), kvůli údajně předraženému auditu vyšetřovala policie. Vylita novinářům řekl, že NBÚ se ho dotazoval na jak na LOM, tak třeba na prodej vojenských opraváren ve Šternberku. Zdůraznil však, že se žádných kroků proti zájmům ČR nedopustil.
Vylita je členem šestičlenného týmu výboru NATO, který provádí audity hospodaření jednotlivých složek Severoatlantické aliance. Členských zemí se jeho působení nedotýká. Do funkce ho jmenuje Rada Severoatlantické aliance, tedy velvyslanci členských států, kteří by ho v případě ztráty prověrky museli odvolat. „Už to samo o sobě je dost velká ostuda,“ soudí Vylita.
Jeho kolegové ve výboru mu prý vyjádřili podporu stejně jako český velvyslanec při NATO Jiří Šedivý, který o záležitosti podle Vylity jednal i s ministrem obrany Martinem Stropnickým (ANO). Jak se ministerstvo, které ho do výboru vyslalo, zachová, ještě nerozhodlo, poznamenal Vylita
