Komárek v červnu 2016 vystoupil v televizi kvůli reorganizaci policie, tedy sloučení protimafiánského a protikorupčního útvaru. V souvislosti s tím označil policejního prezidenta Tomáše Tuhého za „osobou podezřelou z brutálního úniku informací v rámci objasňování hospodářské trestné činnosti ve stamilionových částkách“. Okresní soud pro Prahu západ mu za to v prosinci 2017 uložil roční trest odnětí svobody s podmíněným odkladem na dva roky. Původně mu hrozilo až pět let vězení.
Soudkyně Lucie Černá v pondělí konstatovala, že je prokázané, že po objektivní stránce došlo ke zneužití pravomoci. Komárek podle ní skutečně porušil povinnost mlčenlivosti a nestrannosti, když v televizi informaci prozradil. Nicméně přihlédla k subjektivním stránkám činu.
„Cílem obžalovaného nebyl žádný osobní prospěch,“ řekla Černá s tím, že jediným jeho cílem bylo zvrátit reorganizaci policie a nezametly se pod koberec kauzy, které jeho útvar řešil.
„Reorganizace byla skutečně překotná, v zásadě utajovaná a pro mnohé překvapivá a to nejen pro příslušníky ÚOOZ (Útvaru pro odhalování organizovaného zločinu – pozn. red.), ale i pro státní zástupce vrchního státního zastupitelství,“ konstatovala soudkyně Černá s odkazem na výpověď náměstka olomouckého vrchního státního zástupce Pavla Komára. Připomněla, že kvůli reorganizaci se sešla i Bezpečnostní rada státu a z ÚOOZ se překotně odvážely i spisy.
Černá zmínila, že Komárek vyčerpal všechny prostředky, tedy obrátil se se svými zjištěními na Generální inspekci bezpečnostních sborů i na státní zastupitelství. „Za této situace mohl být obžalovaný skutečně subjektivně přesvědčený o tom, že jedná ve veřejném zájmu, byť nešlo o správný právní názor. Všechny tyto okolnosti snižují škodlivost prokázaného jednání,“ dodala Černá.
Proti rozhodnutí je možné podat dovolání Nejvyššímu soudu. Státní zástupce Pavel Prygl po jednání uvedl, že počká na vyhotovení rozsudku.
K soudu přišel podpořit Komárka i jeho někdejší nadřízený Robert Šlachta. Ten vyjádřil radost nad verdiktem. Poukázal také na činnost Národní centrály proti organizovanému zločinu, která vznikla sloučením protimafiánského a protikorupčního útvaru. Šlachta vyjádřil pochybnosti o její práci.
Šlachta i Komárek od policie na protest proti reorganizaci odešli.
Takto hovořil Komárek u okresního soudu loni v prosinci (21. 12. 2017):
