Malý se narodil 26. října 1930 v Mnichově Hradišti. Právnickou fakultu absolvoval v roce 1950, jako pedagog na ní začal působit o čtyři roky později na katedře dějin státu a práva. Byl autorem či spoluautorem řady odborných studií, monografií a učebnic.
Ve vedení Univerzity Karlovy byl Malý od roku 1990 prorektorem a následně v letech 1994 až 2000 rektorem. Jeho předchůdcem byl Radim Palouš, nástupcem Ivan Wilhelm. „V této době se (Malý) významně podílel na stabilizaci a modernizaci univerzity v podmínkách transformující se společnosti. Prosazoval posilování akademické samosprávy, důraz na kvalitu vědecké a pedagogické práce a rozvoj mezinárodních kontaktů,“ uvedla právnická fakulta. Malý je podle ní spjatý také s restitucemi univerzitního majetku.
V letech 1997 až 2013 byl Malý členem dozorčí rady společnosti MAFRA.
Malý je držitelem medaile prvního stupně ministra školství, v roce 1997 byl vyznamenán zlatou medailí za zásluhy o Rakouskou republiku. Čestné doktoráty práv dostal na na Trinity College v Dublinu a na Komenského univerzitě v Bratislavě. V roce 1999 papež propůjčil Malému vyznamenání za zásluhy o víru a církev.
