Církve tvrdí, že jim novela komplikuje charitativní práci a že je poškozuje. Jandák v pořadu Otázky Václava Moravce řekl, že má k dispozici vyjádření právních expertů. Polovina z nich prý soudí, že novela církve omezuje, druhá polovina naopak.
Problém kontroverzní novely je podle ministra typickým příkladem toho, kam až se dá dojít, když se ve společnosti nevede dialog.
Kvůli novele vznikla i roztržka mezi kardinálem Miloslavem Vlkem a prezidentem Václavem Klausem. Kardinál Klause po podpisu novely obvinil z toho, že jím porušil ústavu, protože ta církvím zaručuje svobodu, kterou novela nerespektuje.
To Hrad odmítl. Z novely podle prezidenta neplyne hrozba "odtržení diakonií, charit a církevního školství od církví," jak mu o ní církve psaly v dopise. "Nikde v zákoně není církvím zakázáno takové subjekty zřizovat," uvedl Václav Klaus.
Také předseda KSČM Vojtěch Filip v ČT řekl, že jediným rozdílem je, že se církevní instituce budou muset registrovat na ministerstvu kultury, zatímco necírkevní na ministerstvu vnitra. Nevidí důvod, proč by neměly církevní organizace podléhat registraci, jestliže vstupují do obchodních vztahů.
Jandák připomněl, že už zahájil s třiadvaceti registrovanými církvemi dialog. O postavení církví chce diskutovat také s historiky, politology a jinými odborníky. Výsledkem dialogu má být legislativní zařazení církví do společnosti.
Problém mezi státem a církvemi představuje vedle nevyřešeného financování také například neratifikovaná smlouva s Vatikánem. Jandák se chce ještě jednou pokusit o její ratifikaci. Pokud se to nepodaří, pak je odhodlán diskutovat o její nové podobě.
