Své časté spory s prezidentem republiky Halík vykládá tak, že chápe coby svou mravní povinnost nazývat věci pravými jmény. "Rozhodně mi to u spousty lidí přináší sympatii, protože se nebojím a říkám, co si myslím," soudí Halík.
Vymezuje se proti tomu, že by prezidenta kritizoval vždy. "Jsou věci, kdy jsem ho podpořil - třeba při zákonu o registrovaném partnerství. Ale když vidím, že je opravdu tím symbolem špatných věcí, prostě to řeknu. V roce 97, kdy padl, jsem byl jeden z mála, který se ho veřejně zastal," řekl kněz v rozhovoru pro MF DNES.
"Tenkrát se od něj distancovali mnozí jeho souputníci a já jsem napsal, že mu děkuji za vše, co pro společnost vykonal. Protože jsem si myslel, že ten pád je pro něj šancí k zamyšlení nad sebou. Jenže on tenkrát vyšel ven, uviděl tam ty své fanynky a řekl: nic se neděje, jedeme dál. Nevěřím ani teď, že jde do sebe. To jen mnozí naivní katolíci si myslí, že pan prezident se nám obrátil, je morální a zbožný," prohlásil dále v rozhovoru Halík.
Dotkl se tím přímo přátelství prezidenta s Dominikem Dukou. Hlava státu má s arcibiskupem notně lepší vztahy než v době Dukova předchůdce Miloslava Vlka.
"Tam je to spíš politická strategie - kdybych byl v pozici pražského arcibiskupa, taky bych s hlavou státu asi musel politicky vycházet. Ovšem myslím si, že to arcibiskup Duka přehání. Známe se spolu 40 let, ještě z disentu, mluvíme spolu otevřeně. Ve spoustě věcí si rozumíme, ale ve vztahu ke Klausovi máme radikálně jiné názory," říká Halík.
Církev podle něj není politická strana a nemá pouze "diplomatickou úlohu". Naopak by měla vystupovat především jako mluvčí pravdy, neuzavírat manželství se stranami a politiky a zachovat si kritický odstup, míní Halík.